Pasaules medicīnas citējamo žurnālu datubāze PubMed un informācijas meklēšanas iespējas

Transcription

1

2 RĪGAS STRADIŅA UNIVERSITĀTE Bibliotēka Daiga Spila Pasaules medicīnas citējamo žurnālu datubāze PubMed un informācijas meklēšanas iespējas Mācību materiāls informācijpratībā Rīga RSU 2013

3 UDK 61: S 57 Spila, Daiga. PubMed un informācijas meklēšanas iespējas: Mācību materiāls informācijpratībā. Rīga: Rīgas Stradiņa universitāte, lpp. RSU IPD vadītājs: Tenis Nigulis RSU vec. redaktore: Aija Lapsa Redaktore: Regīna Jozauska Makets: Ilze Reitere Vāka dizains: Mikus Čavarts RSU IPD Nr Rīgas Stradiņa universitāte, 2013 Rīga, Dzirciema iela 16, LV-1007 ISBN

4 Saturs Ievads Datubāzes PubMed raksturojums PubMed MEDLINE PubMed un MEDLINE atšķirības Meklējuma stratēģijas veidošana Kā notiek meklēšana (meklējuma norise, meklējuma detaļas, pēc autoriem, stopvārdi, pareizrakstība, saistītie ieraksti) Meklēšanas papildnosacījumi Būla operatori Frāžu meklēšana Nošķelšana Paplašinātā meklēšana (Advanced Search) Meklējuma ierobežošana (Additional filters) Meklējumu vēsture (History) Citi meklēšanas rīki MeSH datubāze (MeSH Database) Žurnālu datubāze (Journals in NCBI Databases) Konkrētu ierakstu meklēšana (Single Citation Matcher) Meklēšana pēc klīniskajiem jautājumiem (Clinical Queries) Rezultātu pārvaldīšana Rezultātu saraksts Skata formas (Display Settings) un ierakstu grupēšana Ierakstu nosūtīšana (Send to) Rezultātu saglabāšana Īslaicīgā saglabāšana (Clipboard) Meklēšanas stratēģijas saglabāšana (Save Search) Ierakstu kolekciju saglabāšana (Collection) Bibliogrāfiskie saraksti (My Bibliography) Pavisam vienkārša apvienošana (Really Simple Syndication)

5 5. Meklēšanas aģenta (My NCBI) izmantošana Reģistrēšanās My NCBI My NCBI koriģēšana Uzstādījumi (Preferences) Filtri (Filters) Sasaiste ar citiem tiešsaistes resursiem Saišu sistēma un nokļūšana līdz ierakstu pilnajiem tekstiem PubMed centrāle (PubMed Central) PubMed Health Izmantoto avotu saraksts

6 Ievads Mācību materiāls palīdzēs gūt priekšstatu par visā pasaulē pazīstamo, vecāko un lielāko medicīnas publikāciju datu bāzi PubMed, kā arī nostiprināt iemaņas darbībai ar šīs datubāzes piedāvātajiem meklēšanas, pārvaldīšanas un informācijas saglabāšanas rīkiem. PubMed ir medicīnas informācijas datubāze, kurā ir apkopoti aptuveni 22 miljoni bibliogrāfisko ierakstu no vairāk nekā 5600 nosaukumu pasaules citējamajiem medicīnas žurnāliem par laika posmu no gada līdz mūsdienām. Lai orientētos milzīgajā informācijas apjomā, kas pieaug ar katru dienu, mācību materiāls paredz pareizas meklēšanas tehnikas pielietošanas apguvi, lai lielajā informācijas klāstā ātri atrastu nepieciešamo informāciju gan ārstē šanas procesa atbalstam, gan zinātniskā darba vai cita veida pētījumu veikšanai, tajā pašā laikā nepazaudējot svarīgu informāciju. Mācību materiāla sagatavošanā izmantoti jaunākie un nozīmīgākie infor mācijas avoti par datubāzi: monogrāfijas, interneta resursi un ārvalstu kolēģu mācību materiāli. Mācību materiāls strukturēts sešās nodaļās. Sākumā izklāstīta datubāzes vēsturiskā attīstība un tās nozīme medicīnas informācijas meklēšanā. Turpinājumā apskatītas dažādas meklēšanas stratēģijas biomedicīnas žurnālu rakstu meklēšanā un datubāzes piedāvātie daudzveidīgie meklēšanas rīki. Sniegti padomi, kā strādāt ar atlasīto informāciju, kā veikt mek lējuma precizēšanu, saglabāšanu, informācijas avotu sarakstu izdrukāšanu, līdzīgu rakstu atrašanu, datubāzē neesošo rakstu pilno tekstu atrašanu. Mācību līdzeklī aprakstīta individuālā meklēšanas gudrā aģenta izveidošanas secība un akcentētas priekšrocības, kas ikdienā samazinās laiku meklējumu veikšanai, vienlaicīgi iegūstot precīzu, vērtīgu, profesionālu un drošu informāciju. Materiālu uzskatāmāku padara attēli un tabulas. Savukārt katras nodaļas beigās iekļautie kopsavilkumi apkopo būtiskāko nodaļas ietvaros izklāstīto informāciju. Mācību materiāls paredzēts medicīnas nozarē strādājošiem un studējošiem speciālistiem. To var izmantot gan veselības aprūpē nodarbināto tālākizglītības atbalstam, gan lai apgūtās iemaņas praktiski pie lietotu profesionālajā darbībā. 5

7 1. Datubāzes PubMed raksturojums 1.1. PubMed Datubāze PubMed (turpmāk tekstā PubMed) ir ASV Nacionālās Medicīnas bibliotēkas galvenā bibliogrāfiskā datubāze, kurā brīvi pieejami tiešsaistes biomedicīnas žurnālu rakstu bibliogrāfiskie apraksti. PubMed veido un attīsta ASV Nacionālās Medicīnas bibliotēkas Bioteh no loģijas informācijas nacionālais centrs (NCBI National Center for Biotechnology Information) kā daļu no integrētās, uz teksta balstītās meklēšanas un izguves sistēmas Entrez {27, 1]. Entrez ir molekulāri bioloģisko un ķīmijas datubāzu sistēma, kas sniedz pieeju nukleotīdu, proteīnu, gēnu, PubMed Medline, iedzimtības un citām vairāk nekā 20 datubāzēm. PubMed ir viena no datubāzēm, kas ietilpst NCBI Entrez sistēmā [5, 7] gadā Dž. S. Bilings (J. S. Billing), ASV armijas medicīniskā dienesta bibliotēkas, tagadējās ASV Nacionālās medicīnas bibliotēkas, vadītājs, sāka veidot Index Medicus medicīnas žurnālos publicēto rakstu rādītāju, kuru pirmo reizi izdeva gadā. Turpmāk tas tika izdots katru mēnesi, bet gada beigās tam pievienoja kumulatīvo rādītāju gadā Nacionālā medicīnas bibliotēka sāka lietot datorizētu sistēmu MEDlars (Medical Literature Analysis and Retrieval System), lai rādītāju Index Medicus varētu sagatavot elektroniskā veidā [11, 1] gadā MEDlars sistēma, kas datus gatavoja uz magnētiskajām lentēm, tika konvertēta uz ātrāku tiešsaistes sistēmu MEDLINE (MEDlars On-LINE) un piedāvāja lietotājiem arī Index Medicus datus no gada. Laikā, kad tika izgudrotas un ieviestas interneta mājas lapas (www), būtiski mainījās medicīnas informācijas uzglabāšana un meklēšana. Tā no pagājušā gadsimta 90. gadu beigām medicīnas darbinieki pamazām pierada medicīnas publi kācijas meklēt internetā. Sākotnēji piekļuve MEDLINE bija iespējama par maksu, bet kopš gada tā tiek piedāvāta kā interneta brīvpieejas pakalpojums, izmantojot ASV Nacionālās medicīnas bibliotēkas izveidoto programmu PubMed [13, 13; 6, 14]. PubMed darbojas no gada. PubMed ietver vairāk nekā 21 mil jonu biomedicīnas literatūras bibliogrāfiskos ierakstus no MEDLINE, biomedicīnas žurnāliem no visas pasaules un nedaudz ierakstu no NCBI grāmatu datubāzes. PubMed ieraksti un kopsavilkumi aptver biomedicīnas un veselības nozari, iekļaujot dzīvības zinātnes, uzvedības teorijas, ķīmijas zinātnes un bioinženieriju. PubMed ar atbilstošo saišu sistēmas palīdzību nodrošina arī pieeju citiem NCBI molekulārās bioloģijas resursiem [22, 3]. Piekļuvi MEDLINE piedāvā vairākas saskarnes, tostarp OVID, EBSCO u. c., taču tās ir par maksu. Savukārt PubMed ļauj piekļūt MEDLINE brīvpieejā. 7

8 PubMed sniedz pieeju: MEDLINE; OLDMEDLINE; citiem ierakstiem dažādos apstrādes procesos, kuri vēl nav indeksēti un pievienoti MEDLINE vai ir konvertēti citā ierakstu statusā; nelielam daudzumam ierakstu no dzīvības zinātņu žurnāliem, kas iekļauti PubMed, vai iesniegtajiem pilnajiem tekstiem PubMed Central digitālajā arhīvā, kas savukārt nav rekomendēti iekļaušanai MEDLINE [19, 29]. Lielāko daļu no PubMed veido MEDLINE ieraksti. PubMed sniedz saites uz integrētajām molekulāri bioloģiskajām datubāzēm, ko uztur NCBI. Gadu gaitā PubMed ir bijuši ievērojami uzlabojumi un izmaiņas, lai sistēmas lietotāji kvalitatīvāk sameklētu vajadzīgo informāciju gada beigās tika izstrādāta saistīto rakstu atrašanas sistēma un klīnisko jautājumu filtri, kā arī paziņojumu sistēma e-pastā. No gada tika uzsākta meklējumu rezultātu grupēšana. No gada iespējama meklējumu veikšana vienlaicīgi visā Entrez sistēmā. No gada iestrādāti rīki klīnisko jautājumu meklēšanai gadā seko vairāki būtiski uzlabojumi: ar gudrā aģenta My NCBI palīdzību iespējams saņemt jaunāko informāciju e-pastā, ieguves un vizualizācijas semantika, rezultātu gru pēšana pēc dažādu kategoriju algoritmiem gadā tiek izstrādāti PubMed sensori semantisku jēdzienu atpazīšanai. Bet gadā tiek pārveidota PubMed saskarne [16] MEDLINE MEDLINE ir viena no vecākajām, lielākajām un biežāk lietotajām zinātniskajām bibliogrāfiskajām datubāzēm. ASV Nacionālā medicīnas bibliotēka ir indeksējusi biomedicīnas literatūru jau no gada, lai veselības aprūpes speciālistiem sniegtu piekļuvi nepieciešamajai informācijai veselības aprūpē, pētījumos un izglītībā. Sākotnēji tas bija iespiests rādītājs Index Medicus, bet vēlāk tā elektroniskā versija kļuva zināma kā datubāze MEDLINE [29]. Index Medicus no armijas bibliotēkā izveidotā rādītāja, pievienojot datus no Dental Literature un International Nursing Index, pārtapa par datubāzi MEDLINE (Medical Literature Analysis and Retrieval System Online). Tā ir medicīnas informācijas datubāze, kas satur atsauces: par rakstiem žurnālos medicīnā, biomedicīnā, māszinībās, zobārstniecībā, veterinārajā medicīnā, mikrobioloģijā, uzturzinātnē, biofarmācijā, farmakoloģijā, zobārstniecībā, pirmsklīniskajās zinātnēs un veselības aprūpē; par radniecīgo nozaru (bioloģijas, zooloģijas, botānikas, vides veselības, bioķīmijas) tematiem un ierakstus no žurnāliem, kas saistīti ar dzīvības zinātnēm, kā arī antropoloģiju un socioloģiju; par zinātniskiem pētījumiem, to veikšanas metodoloģiju, klīnisko praksi, diagnostikas un terapeitiskajām metodēm un sabiedrības veselību. 8

9 MEDLINE aptver dažādas kategorijas, sākot no anatomijas, organismiem, slimībām, psihiatrijas līdz psiholoģijai un fizikas zinātnēm. MEDLINE ir uzkrāti vairāk nekā 19 miljoni bibliogrāfisko aprakstu, sākot no gada līdz mūsdienām un nedaudzi raksti izlases veidā no gada [19] gada sākumā datubāzē bija apraksti no 5,6 tūkstošiem žurnālu nosaukumiem, kas izdoti ASV un 80 citās valstīs, 39 valodās, kā arī vecie žurnāli 60 valodās [8]. Apmēram trīs ceturtdaļas materiāla sastāda publikācijas angļu valodā [4, 9, 29]. MEDLINE ietver atsauces uz rakstiem no ~ 25% visā pasaulē izdotajiem žurnāliem biomedicīnā. Atlase materiāla iekļaušanai datubāzē ir ļoti stingra. Trīs reizes gadā sanāk Literatūras atlases tehnisko apskatu komiteja, kas izvērtē potenciālā izdevuma izredzes tikt iekļautam datubāzē. Iekļauti tiek tikai tie žurnāli, kuru ietekmes faktors nav mazāks par 3,75. Ieraksti tiek pievienoti regulāri laikā no otrdienas līdz sestdienai. MEDLINE raksturīgākā pazīme ir tā, ka katram tās ierakstam tiek pievienotas 5 15 medicīnas priekšmetu rubrikas (MeSH), kas nodrošina informācijas meklēšanu datubāzē. MeSH tezauram ir raksturīga hierarhiska struktūra un daudzveidīga norāžu sistēma. Medicīnas priekšmetu rubrikas izmanto medicīnas literatūras satura atklāšanai, biomedicīnas un veselības tematikai radniecīgu nozaru informācijas un dokumentu indeksēšanai, kataloģizēšanai un meklēšanai. No gada arī MEDLINE ir pieejams tiešsaistē kā brīvpieejas resurss, izmantojot PubMed. Katrs MEDLINE ieraksts sniedz specifisku informāciju par vienu žurnāla rakstu, norādot konkrētā raksta nosaukumu, autorus, kopsavilkumu, MeSH terminus, informāciju par žurnālu, kurā raksts publicēts, organizāciju, kuru pārstāv autors, valodu, kurā raksts publicēts un publikācijas veidu. OLDMEDLINE. Vācijas Medicīniskās dokumentācijas un informācijas institūts, kas bija MEDlars centrs Vācijā, un gadu laikā kumulatīvos Index Medicus radītājus konvertēja mašīnlasāmā formā un nodeva ASV Nacionālajai medicīnas bibliotēkai. Vēlāk mašīnlasāmā formā tika pārveidoti arī rādītāji Current List of Medical Literature par laika posmu no gada līdz gadam un dati no Kumulatīvā rādītāja par laika posmu no gada līdz gadam gadā tika izveidota atsevišķa datubāze OLDMEDLINE, kurā tika apvienoti visi minētie dati. Uz gada jūniju datubāzē ir aptuveni ierakstu. OLDMEDLINE ietver informāciju no biomedicīnas žurnāliem, kas aptver medicīnu, pirmsklīniskās zinātnes un ar veselību saistītās nozares. OLDMEDLINE datubāzes ierakstu kvalitāte atšķiras no MEDLINE ierakstu kvalitātes, tām ir atšķirīgi lauku apraksti. Meklējot OLDMEDLINE datubāzē, jāņem vērā sekojoši ierakstu aspekti: kopsavilkumu trūkums; OLDMEDLINE priekšmetu laukā visām rubrikām nav mūsdienu MeSH un to kodi neatbilst pašreizējiem hierarhiskajiem MeSH koka kodiem. Aprakstos eksistē drukātajā rādītājā Index Medicus uzrādītie priekšmeti. Ir atjaunotas žurnālu nosaukumu abreviatūras un pievienoti ISSN (starptautiskais seriālais standarta numurs) indeksi; daudzu gadu ierakstiem MeSH pamatrubrikai neeksistē apakšrubrikas; 9

10 konvertētajos ierakstos rubrikām ir tikai galvenās rubrikas statuss, jo drukātajā izdevumā ieraksts parādās tikai vienā vietā. Visiem OLDMEDLINE ierakstiem ir pievienota norāde [PubMed OLD- MEDLINE]. No gada ASV Nacionālā medicīnas bibliotēka sākusi OLD- MEDLINE priekšmeta rādītāju kartēšanas projektu, kas paredz vecajiem ierakstiem pievienot pašreizējos MeSH. Tiem OLDMEDLINE ierakstiem, kuriem visi priekšmetu rādītāji ir kartēti uz pašreizējo MeSH, ir pievienota norāde [PubMed indexed for MEDLINE] [29] PubMed un MEDLINE atšķirības Kopš gada jūnija PubMed ir pieejams kā brīvpieejas pakalpojums, ko nodrošina internets un kuru finansē ASV federālais budžets [4, 10]. PubMed datubāzes pamatā ir MEDLINE. Tomēr PubMed, salīdzinot ar MEDLINE, ir virkne saturisku atšķirību un papildinājumu. Informācija par tiem tiek ietverta norādēs: PubMed satur bibliogrāfiskos aprakstus, kas datubāzei pievienoti nesen, pēdējās nedēļas laikā, un šiem ierakstiem vēl nav pievienoti MeSH indeksi. Tie tiek atzīmēti ar speciālu norādi [PubMed in process]; PubMed iekļauti izdevniecību sniegtie apraksti dati, ko ASV Nacionālā medicīnas bibliotēka ir saņēmusi no izdevējiem elektroniskā veidā. Tiem pievienota atzīme [PubMed as supplied by publishers]; PubMed ir iekļauti datubāzes OldMEDLINE ieraksti, kuri vēl nav konvertēti uz MEDLINE un kuriem nav piešķirtas medicīnas priekšmetu rubrikas ( ). Tie tiek atzīmēti ar norādi [PubMed OLDMEDLINE]; Kad ieraksts ir indeksēts, tam pievienoti MeSH termini un citi indeksēšanas lauki, ierakstiem tiek noteikts MEDLINE statuss ar pievienotu norādi [PubMed indexed for MEDLINE]; PubMed ir iekļauti apraksti par ASV Nacionālā veselības institūta atbalstīto pētījumu autoru manuskriptiem, kas vēl nav publicēti datubāzē PubMed Central; PubMed ir iekļauti rakstu apraksti no atsevišķiem dzīvības zinātņu žurnāliem, kas nav iekļauti MEDLINE. Pilnā apjomā šos žurnālus piedāvā datubāze PubMed Central. Turpmākajās tabulās attēlots PubMed apjoms hronoloģiskā skatījumā (uz ), kā arī PubMed ierakstu statuss un to raksturojums tabula. PubMed apjoms hronoloģiskā skatījumā Datubāze Ieraksti kopumā Aptvertais periods PubMed No gada līdz mūsdienām MEDLINE No gada līdz mūsdienām In Process OLDMEDLINE gads 10

11 1.2. tabula. PubMed ierakstu statusa apkopojums [22, 12] Ierakstu statuss Raksturojums MeSH indeksi PubMed as supplied by publisher PubMed in process PubMed indexed for MEDLINE PubMed OLDMEDLINE PubMed Ieraksts, kas iesniegts elektroniski, kad tas tiek saņemts. Ieraksti no žurnāliem pirms tie tiek atlasīti indeksēšanai MEDLINE (ieraksti līdz gada beigām). Ieraksti no žurnāliem, kas nav iekļauti MEDLINE (ieraksti, kas saņemti līdz gada jūnijam). Nav Bibliogrāfiskie dati Ieraksti, kurus pārskata iekļaušanai MEDLINE. Nav Nav Pilnībā indeksēti ieraksti. Ir Ir Ieraksti, kas sākotnēji veidoti uz magnētiskajām lentēm un iespiestā formātā, publicēti no līdz gadam un kuriem nav pievienoti mūsdienīgi MeSH priekšmeti vai tie ir nepilnīgi. Raksti no dabaszinātņu žurnāliem, kas izlases veidā indek sēti MEDLINE. No gada beigām: ieraksti, kas publicēti žurnālos pirms atlases MEDLINE indeksācijai. No gada jūnija: ieraksti, kas nav MEDLINE žurnālos. Ieraksti no pilntekstu rakstiem, kas atrodami PubMed Central, bet nav PubMed. Ieraksti no grāmatām un grāmatu daļām, kas atrodamas NCBI datubāzēs. Daļēji Nav Nav Ir Ir Atšķirībā no MEDLINE, datubāzei PubMed ir arī papildu tehniskās iespējas, kas atvieglo meklēšanas procesu un uzlabo meklējumu kvalitāti: PubMed satur saites uz tīmekļa vietnēm, kurās var atrast rakstu pilnos tekstus (pilntekstu publikācijas, bioloģiskas datubāzes, pacientu informācijas resursus, pētniecības rīkus u. c.). Ar saišu palīdzību pieejami žurnālu pilnie teksti, interneta elektroniskie žurnāli un citas tīmekļa vietnes; PubMed satur saites uz molekulārās bioloģijas resursiem, kas tiek ietverti NCBI; PubMed satur saites uz pilnajiem tekstiem, kas atrodami PubMed Central [8]; Katram ierakstam pievienota saite Related Citations. Tā palīdz atrast saistītus ierakstus, balstoties uz vārdiem, kas ietverti ieraksta nosaukumā, kopsavilkumā vai piešķirtajās medicīnas priekšmetu rubrikās; PubMed satur klīnisko jautājumu un speciālo jautājumu meklēšanas filtrus. Filtri ļauj vienkāršot informācijas meklējumu par slimības etioloģiju, diagnostiku, terapiju vai prognozi; PubMed nodrošina konkrēta ieraksta atrašanu (Single Citation Matcher); PubMed datubāzē var veidot savu aģentu (My NCBI), lai veidotu un saglabātu savu ierakstu kolekcijas, saglabātu meklējuma stratēģiju, kā arī grupētu atrastos rezultātus; PubMed piedāvā pareizrakstības labotāju; PubMed piedāvā iegūto rezultātu grupēšanas filtrus. 11

12 Kopsavilkums PubMed ir brīvi pieejama bezmaksas biomedicīnas žurnālu rakstu biblio grāfiskā datubāze, ko veido ASV Nacionālās medicīnas bibliotēkas Biotehnoloģijas informācijas nacionālais centrs (NCBI). PubMed ir daļa no NCBI Entrez izguves sistēmas, kas sniedz pieeju daudz veidīgam datubāzu komplektam. PubMed piedāvā plašu, modernu un efektīvu meklēšanas saskarni. Tās lielāko daļu sastāda MEDLINE. PubMed ir galvenā bibliogrāfiskā datubāze, kas apkopo aptuveni 22 miljonus norāžu par rakstiem žurnālos (kopš gada) medicīnā, māszinībās, zobārst niecībā, veterinārajā medicīnā, veselības aprūpes sistēmā un pirmsklīniskajās zinātnēs. Informācija aptver vairāk nekā 5600 mūsdienu biomedicīnas un veselības aprūpes žurnālus, kurus izdod ASV un 80 valstīs. PubMed piedāvā saturiskus papildinājumus ierakstus no OLDMEDLINE, nepublicētajiem izdevumiem, izdevēju iesniegtajām publikācijām un citiem avotiem. Tehniski tiek nodrošināta ātra un ērta meklēšana, pieejamas saites uz žurnālu rakstu pilniem tekstiem, norādes par datubāzēm, bibliotēkām un izdevējiem, ir iespējama saistīto rakstu meklēšana. Tāpat pieejami klīnisko jautājumu meklēšanas filtri, un ir iespējams izveidot personīgo meklēšanas aģentu un izmantot pareizrakstības labotāju. 12

13 2. Meklējuma stratēģijas veidošana 2.1. Kā notiek meklēšana (meklējuma norise, meklējuma detaļas, meklēšana pēc autoriem, stopvārdi, pareizrakstība, saistītie ieraksti) Meklējuma norise. Meklēšanas rezultāti datubāzē PubMed atkarīgi no tā, cik prasmīgi un precīzi veidota pieprasījuma izteiksme un cik lielā mērā izmantotas datubāzes piedāvātās papildiespējas. Rezultātu var sasniegt dažādos veidos, pielietojot atšķirīgas meklēšanas stratēģijas un papildrīkus. PubMed piedāvā meklēt pēc autora, teksta vārdiem, medicīnas priekšmeta rubrikām (MeSH), saistītajiem rakstiem, žurnāla nosaukuma vai konkrētiem klīniskajiem jautājumiem. Lai atrastu pieprasījumam maksi māli atbilstošu rezultātu sarakstu, ir jāveido sarežģīta meklējuma izteiksme, savstarpēji kombinējot vairākus iepriekš veiktus meklējumus. Pareizi veidota meklējuma rezultātu sarakstā nevajadzētu būt vairāk par 150 ierakstiem. Ja ekrānā parādās uzraksts: No items found (neviens dokuments nav atrasts), iespējams, ka pieprasījuma izteiksmes veidošanā ir pieļautas būtiskas kļūdas, vai arī nav izvēlēta pareizā meklēšanas stratēģija. Teksta turpmākajā daļā izmantotie rīkjoslu un sadaļu apzīmējumi parādīti 2.1. un 2.2. attēlā. Tā kā PubMed saskarne ir angļu valodā, aprakstot praktisko meklēšanas gaitu, tekstā tiek lietoti sadaļu nosaukumi angļu valodā attēls. PubMed rīkjoslas un papildiespējas NCBI datubāzu izvēle Meklēšanas logs Lietošanas pamācības Rīku josla Citi resursi / datubāzes 13

14 2.2. attēls. Meklēšanas loga komandas un apzīmējumi NCBI datubāzu izvēle Meklēšanas logs Meklēšanas uzsākšana RSS padeve Meklējuma saglabāšana Paplašinātā meklēšana Meklēšanas loga iztukšošana Ievadot meklēšanas logā atslēgvārdus, var izmantot sistēmas piedāvātos variantus no izkrītošās izvēlnes. Meklējuma veikšanai jāspiež komanda Search vai jālieto taustiņš Enter. Iespējama viena vai vairāku teksta vārdu ierakstīšana meklēšanas logā. Ieteicams papildus teksta vārdiem meklēšanas logā norādīt konkrētu apraksta lauka etiķeti, kurā tiks veikts meklējums. Ja šāds apzīmējums netiek norādīts, PubMed uzsāk informācijas meklē šanu, izskatot specializētos rādītājus: medicīnas priekšmetu rubriku rādītāju, žurnālu rādītāju un autoru rādītāju. Meklēšanas logā ievadītais vārds tiek salīdzināts ar medicīnas priekšmetu rubriku rādītāju (MeSH Translation Table), kas nozīmē, ka dotais vārds tiek meklēts bibliogrāfiskā apraksta MeSH rubriku, apakšrubriku, saistīto terminu, farmakoloģijas nozares terminu, ķīmisko savienojumu nosaukumu un to sinonīmu laukos. Gadījumā, ja šis vārds atrodams kādā no minētajiem laukiem, tas automātiski tiek meklēts kā MeSH (Medical subject heading) priekšmets. Ja atbilstošs termins nav atrasts medicīnas priekšmetu rādītājā, pieprasījums tiek pārbaudīts žurnālu rādītājā (Journals Translation Table). Meklējamais vārds tiek meklēts žurnāla nosaukumā, MEDLINE pieņemto saīsinājumu un abreviatūru un starptautisko standarta sērijas numuru (ISSN) sarakstos. Gadījumā, ja teksta vārds/i nav atrasts iepriekš nosauktajos rādītājos, tad pieprasījums tiek meklēts autoru rādītājā (Author Translation Index). Neatkarīgi no rādītājos atrastajiem rezultātiem, sistēma meklējamo vārdu meklē arī kā vārdu tekstā visos esošajos bibliogrāfiskā apraksta laukos un bibliogrāfiskajam aprakstam pievienotajā kopsavilkumā. Vārdam, kuram iespējama arī cita pareizrakstība, tiek piedāvāti citi varianti jau ar gatavu meklējuma rezultātu. Apraksta lauka etiķetes. Viens no veidiem, kā uzsākt meklējumu, ir viena vai vairāku teksta vārdu ierakstīšana meklēšanas logā. Papildus teksta vārdiem meklēšanas logā var arī norādīt konkrētu apraksta lauka etiķeti (piemērus sk tab.), kurā tiks veikts meklējums. Etiķetes var rakstīt gan ar lielajiem, gan ar mazajiem burtiem, bet tās obligāti jāieliek kvadrātiekavās. Ja šāds apzīmējums netiek norādīts, PubMed uzsāk informācijas meklēšanu, izskatot specializētos rādītājus: medicīnas priekšmetu rubriku rādītāju, žurnālu rādītāju un autoru rādītāju. 14

15 2.1. tabula. Populārākās etiķetes lietošanai meklēšanas logā 1AU Pirmais autors PL Publicēšanas vieta ALL Visi lauki PMID Identifikācijas numurs PubMed AU Autors PS Personas vārds kā priekšmets CN Korporatīvais autors PT Publikācijas veids DP Publicēšanas datums SB Apakškopa FAU Pilns autora vārds SH MeSH apakšrubrika LA Valoda TA Žurnāla nosaukums LASTAU Pēdējais autors TI Raksta nosaukums MAJR MeSH priekšmets kā galvenās tēmas apzīmējums TIAB Vārds nosaukumā un kopsavilkumā MH MeSH priekšmets TT Nosaukums oriģinālvalodā PG Raksta pirmā lappuse TW Vārds tekstā Meklējuma detaļas. Lai pārliecinātos, vai nav ieviesusies kļūda mek lējuma izteiksmes veidošanā, ir jākontrolē meklējuma gaita. To var darīt Search Details logā (sk att.), kas atrodas papildrīku joslā pa labi no rezultātu saraksta. Search Details logā redzams, kā sistēma ir veidojusi meklējuma izteiksmi, lietojot MeSH terminus, vārdu tekstā, savienojot tos ar Būla operatoriem attēls. Meklējuma detaļu logs (Search Details) 2.4. attēlā tiek atspoguļota meklēšanas stratēģija, ja meklēšanas logā tiek ievadīti teksta vārdi. Šajā gadījumā sistēma, veicot meklējumu, pārbauda teksta vārdu nose bleed un atrod to kā sinonīmu MeSH terminam epistaxis. Query Translation logā ir redzami vārdi, ko sistēma lieto meklēšanas procesā. Lai labotu meklējuma izteiksmi, Query Translation logā var pievienot vai izdzēst terminus. URL sistēma izveido konkrētajam meklējumam interneta adresi interneta pārlūka logā. To var saglabāt vai izveidot kā grāmatzīmi turpmākai šī meklējuma saraksta lietošanai. Result numurētā saite ataino konkrētā meklējuma atlasīto ierakstu skaitu, un ar tās palīdzību var atvērt rezultātu sarakstu. Translations parāda Query Translation logā redzamo izteiksmi pārskatāmākā formā. User query uzrāda meklēšanas logā ievadītos meklēšanas vārdus. 15

16 2.4. attēls. Search Details sadaļas kopskats Meklēšanas izteiksme Meklēšanas uzsākšana Konkrētā meklējuma interneta adreses izveidošana Atlasīto ierakstu skaits Meklēšanas izteiksme Lietotāja ievadītie atslēgvārdi Meklēšana pēc autora. Datubāzē var veikt ne tikai sarežģītus meklējumus, bet arī meklēt konkrētu autoru darbus. Ievadot autora uzvārdu meklēšanas logā, autors tiek meklēts gan autora, gan visos bibliogrāfiskā apraksta laukos, kā arī visā tekstā. Ja meklējumam tiek pievienota autora meklēšanas etiķete [AU], ieraksti tiek meklēti tikai autora laukos. Ja meklējumam netiek pievienota autora meklēšanas etiķete, dažkārt rezultātu sarakstā, meklējot pēc autora, tiks iekļauti arī pilnīgi neatbilstoši ieraksti. Lai meklējums būtu precīzs un autoru meklētu tikai autoru laukos, ir jāievēro daži nosacījumi, kas parādīti 2.2. tabulā tabula. Autora meklēšanas nosacījumi Rakstības piemērs liguts [AU] been [AU] liguts v [AU] smith ja [AU] liguts v stepens a [AU] viesturs liguts [AU] liguts [1AU] liguts [LASTAU] Cochrane Collaboration [CN] Atrastās informācijas apraksts Visi ieraksti, kuru autoriem ir norādītais uzvārds. Ja autora uzvārds ir līdzīgs stopvārdiem (stopwords) (piem., also, all, been, shown), noteikti jāpievieno autora lauka meklēšanas etiķete [AU]. Visi ieraksti, kuru autoriem ir norādītais uzvārds un norādītais vārda pirmais burts. Visi ieraksti, kuru autoriem ir norādītais uzvārds un norādītie vārda pirmie divi burti. Visi ieraksti, kuru tapšanā piedalījušies abi norādītie autori. Visi ieraksti, kuru autoriem ir norādītais vārds un uzvārds. Tiks atrasti tikai pēc gada publicētie ieraksti, ja autora pilnais vārds ir minēts oriģinālajā tekstā. Visi ieraksti, kuros raksta pirmajam autoram ir norādītais uzvārds. Visi ieraksti, kuros raksta pēdējam autoram ir norādītais uzvārds. Raksta pēdējais autors, kas bieži vien ir īstais raksta autors. Visi ieraksti, kuru korporatīvais autors ir norādītā organizācija. 16

17 Meklējot konkrēta autora publikācijas, ieteicama paplašinātās meklēšanas (Advanced) sadaļa Search Builder, kurā, norādot, ka tiks meklēts autors (Author), un meklējuma logā ierakstot meklējamā autora uzvārda pirmos 3 burtus, sistēma piedāvā jau gatavu sarakstu ar iespējamiem autoru uzvārdiem. Var izmantot arī komandu Index, kas piedāvā pilnu autoru sarakstu ar iekavās norādītu skaitli, kas norāda, cik ierakstos datubāzē PubMed autors minēts autoru laukā (piemēram, valder w (12)). Pārvietošanās Show Index List autoru logā iespējama, klikšķinot uz izvēlnes Prev 200, lai apskatītu iepriekšējos 200 autorus, Next 200, lai apskatītu nākamos 200 autorus. Stopvārdi (stopwords). Stopvārdi ir vārdi, kuri indeksēšanas procesā netiek ņemti vērā. PubMed, veicot meklējumu, stopvārdus ignorē un pēc tiem nemeklē. Stopvārdu piemēri: a, about, again, all, almost, also, and, are, as, at, be, but, by, can u. c. Pareizrakstība. Sistēma piedāvā citus atslēgvārdu pieraksta alternatīvus variantus, kas palīdz novērst pareizrakstības kļūdas. Alternatīvā rakstība nav balstīta uz vārdnīcu, bet gan uz to, cik bieži termins parādās PubMed. Pareizrakstības pārbaude netiek piemērota vārdiem ar ļoti biežu sastopamību PubMed, vai vārdiem, kuriem ir mazāk par piecām rakstzīmēm. Ja sistēma piedāvā pareizo termina pareizrakstību ar iekavās norādītu rezultātu daudzumu, atliek tikai noklikšķināt uz šo terminu (sk att.). Piemēram, ievadot logā: hipertension (meklējuma rezultātā ir 409 ieraksti). Sistēma piedāvā: Did you mean: hypertension ( items) attēls. Sistēmas piedāvātais pareizrakstības labojums Saistīto rakstu meklēšana (Related citations). Ierakstu meklēšanas iespējas var paplašināt ar saites Related citations palīdzību (sk att.). Gandrīz katram PubMed ierakstam ir pievienota saite Related citations, kas aizved uz jaunu sarakstu, kurā ieraksti pēc satura ir līdzīgi izvēlētajam ierakstam. PubMed sistēma ar speciāla algoritma palīdzību salīdzina un izskaitļo vārdus no citu ierakstu nosaukumiem, kopsavilkumiem un MeSH vārdnīcas, un pēc tam tos parāda saistīto ierakstu sarakstā. Saistītie raksti ir sarindoti secībā no visvairāk līdz vismazāk atbilstošajam ierakstam. Ieraksts, kurš pēc satura ir visvairāk atbilstošs, ir norādīts sarakstā kā pirmais, tūlīt aiz ieraksta, kuram piemeklēti saistītie raksti. 17

18 2.6. attēls. Saistīto ierakstu izvēles iespējas Ja konkrētam ierakstam izvēlas skata formu Abstract, sistēma piedāvā pirmo piecu saistīto ierakstu sarakstu Related citations in PubMed lapas labajā pusē, kuru ar papildu saiti See all var atvērt pilnībā. Saite Related citations zem ieraksta var nebūt pievienota pašiem jaunākajiem ierakstiem, jo bibliogrāfiskā ieraksta veidošanas process noris vairākas dienas. Uz saistīto ierakstu sarakstu neattiecas ierobežojumi, kas ir uzstādīti sākotnējam meklējumam. Meklējuma vēstures logā (History) saglabājas arī skatītie saistīto rakstu saraksti. Līdzīgi citiem tie ir izmantojami jaunu meklējumu veidošanai Meklēšanas papildnosacījumi Būla operatori Būla operatori AND, OR, NOT tiek lietoti, lai savā starpā kombinētu atslēgvārdus. Tos raksta starp atslēgvārdiem ar lielajiem burtiem. OR. Lietojot starp atslēgvārdiem operatoru OR, tiek atlasīti ieraksti ar katru no atslēgvārdiem. Ar šī operatota palīdzību tiek atlasīti visi dokumenti, kas satur gan pirmo, gan otro atslēgvārdu, gan abus kopā. To lieto, ja tēma ir šaura, ja vārdi ir cieši saistīti, kā arī, ja jāsameklē atslēgvārda dažādos sinonīmus un saistītos jēdzienus. A OR (vai) B ārstēšana OR (vai) rehabilitācija ēšanas traucējumi OR (vai) anoreksija OR (vai) bulīmija Atlasīs visus rakstus gan par ārstēšanu, gan par rehabilitāciju, gan par ārstēšanu un rehabilitāciju. Atlasīs visus rakstus gan par ēšanas traucējumiem, gan anoreksiju, gan bulīmiju. AND. Lietojot starp atslēgvārdiem Būla operatoru AND, tiek atlasīti dokumenti, kas satur abus šos atslēgvārdus. Netiek atlasīti dokumenti, kuros pieminēts tikai viens no minētajiem atslēgvārdiem. A AND (un) B ārstēšana AND (un) profilakse aptaukošanās AND (un) pusaudži Atlasīs visus dokumentus, kuros katrā būs pieminēta gan ārstēšana, gan profilakse. Atlasīs dokumentus par aptaukošanos pusaudžiem. 18

19 NOT. Lietojot starp atslēgvārdiem Būla operatoru NOT, no meklēšanas tiks izslēgts tas atslēgvārds, kas sekos aiz NOT. A NOT (ne) B ēšanas traucējumi NOT (ne) anoreksija astma NOT (ne) bērni Atlasīs dokumentus par dažādiem ēšanas traucējumiem, bet neatlasīs dokumentus, kuros tiks pieminēta anoreksija. Tiks atlasīti dokumenti par astmu dažādām vecumgrupām, izslēdzot rakstus par bērnu vecumposmu Frāžu meklēšana Meklējot noteiktu frāzi vai citātu, ieteicams lietot aizstājējzīmes: pēdiņas un defisi, vai arī lietot meklēšanas lauka etiķeti. Ja meklējamo jēdzienu veido divi vai vairāki teksta vārdi, piemēram, cold compresses, pressure point u. c., sistēma vispirms tos meklē kā viena jēdziena apzīmējumu. Bet, ja šādi jēdzieni medicīnas priekšmetu rubriku rādītāja laukos netiek atrasti, teksta vārdi tiek meklēti atsevišķi kā divi neatkarīgi vārdi. Ja ir nepieciešams, lai vārdi meklējumā netiktu atdalīti un netiktu meklēti kā atsevišķi jēdzieni, var izmantot dažādus ierakstīšanas veidus. Piemēri: cold compresses (pēdiņas) cold-compresses (defise) cold compresses [tw] (meklēšanas lauka etiķete) cold compresses* (vārda nošķelšana ar *) Nošķelšana Lai atrastu meklējamo vārdu dažādos locījumos vai nav zināma vārda galotne, jālieto nošķelšanas zīme * (zvaigznīte). Nošķelšanas zīmi lieto arī tad, ja nepieciešams atrast dažādas meklējamā vārda izskaņas variācijas Piemēram, ierakstot meklēšanas logā transplant*, tiks sameklēti arī tranplantable, transplantablen, transplantabilities, transplantaca u. c. 19

20 2.3. Paplašinātā meklēšana (Advanced Search) Meklēšanas procesā iespējams pielietot specifiskus meklēšanas laukus (pēc autora, nosaukuma, žurnālu nosaukuma), kā arī tos savstarpēji sasaistīt. Ļoti piemērota tam ir Search Builder sadaļa paplašinātās meklēšanas (Advanced) logā (sk att.). Šeit ir ērti lietojamas izkrītošās izvēlnes meklēšanas lauku mainīšanai, Būla operatoru pielietošana un jaunu meklēšanas lauku pievienošana. Meklēšanas loga saturs ir rediģējams: dzēšanai lieto komandu Clear, bet rediģēšanai komandu Edit attēls. Paplašinātās meklēšanas (Advanced Search) iespējas Norādot, ka tiks meklēts autors vai žurnāls, sistēma, līdzko tiek sākta autora uzvārda vai žurnāla nosaukuma rakstīšana, automātiski piedāvā izvēlni ar iespējamiem autora uzvārdu vai žurnāla nosaukuma variantiem, no kuriem iespējams izvēlēties vajadzīgo (sk att.) attēls. Sistēmas automātiskā vārda pabeigšanas funkcija Kad meklēšanas laukos ir ierakstīti nepieciešamie atslēgvārdi un izvēlēti atbilstošie Būla operatori, meklējuma veikšanai lieto komandu Search. Var izmantot arī indeksu pielietošanu ar komandu Show index list (sk att.), kas piedāvā visus meklējamos terminus izvēlētajā meklēšanas laukā ar iekavās norādītu skaitli, kur redzams, cik ierakstos datubāzē PubMed šis termins minēts (sk att.). 20

21 2.9. attēls. Indeksu loga pielietošana Indeksu logā var apskatīt visu sarakstu un izvēlēties atbilstošos terminus savas meklēšanas stratēģijas veidošanai. Lai to veiktu, ar klaviatūras komandu Control un peles palīdzību izvēlas vienu vai vairākus terminus, kas savienosies ar Būla operatoru OR un automātiski tiks ierakstīti meklēšanas logā. Meklējuma veikšanai lieto komandu Search. Indeksu logu var pārlūkot ar ritošās joslas palīdzību, kā arī klikšķinot uz izvēlnes Previous 200, lai apskatītu iepriekšējos 200 terminus, vai Next 200, lai apskatītu nākamos 200 terminus. Indeksu logu aizver ar Hide index list. Paplašinātās meklēšanas sadaļā ir saites, kas ērtības labad ļauj ātri nokļūt uz citiem PubMed meklēšanas rīkiem un datubāzēm (sk att.) attēls. Nokļūšana no paplašinātās meklēšanas uz citiem PubMed rīkiem un datubāzēm 21

22 2.4. Meklējuma ierobežošana (Additional filters) Atlasītie rezultāti var būt nepārskatāmi lielā apjoma dēļ. Izvēlne Choose Additional filters ļauj ierobežot meklējumu (sk att.). Meklējuma ierobežošana tiek lietota, lai no pareizi atlasīta saraksta atlasītu dotajā brīdī vajadzīgo, nevis, lai uzlabotu meklējuma kvalitāti attēls. Rezultātu saraksta ierobežojošie filtri Meklējuma ierobežošanai tiek piedāvāti daudzi kritēriji: teksta pieejamība (Text availability): - Abstract available, atlasīti tiks tie raksti, kuriem ir pieejams kopsavilkums. Jāņem vērā, ka daudziem rakstiem, kuri publicēti pirms gada, nav kopsavilkumu, - Free full text available, atlasīti tiks tie raksti, kuru pilnais teksts ir brīvpieejā, - Full text available, atlasīti tiks raksti, kuru pilnais teksts pieejams kādā no datubāzēm; publicēšanas laiks (Publication dates). Atlasi ierobežo pēc rakstu publicēšanas konkrēta laika posma (5 years, 10 years) vai norādot noteikta laika robežas (Custom range); cilvēki vai dzīvnieki (Species); raksta veids (Article types). Pieejami šādi rakstu veidi: klīniskie pētījumi, nejaušinātie kontrolētie pētījumi, pārskati, sistemātiskie pārskati, metaanalīzes, vadlīnijas, bibliogrāfiskie saraksti un vēl daudzi citi rakstu veidi; valodas (Languages). Lai atlasītu rakstus tikai noteiktās valodās, pastāv iespēja izvēlēties starp vairāk nekā 50 valodām. To vidū ir arī latviešu valoda; dzimte (Sex); 22

23 tēmas (Subjects): - AIDS, bioētika (Bioethics), vēzis (Cancer), komplementārā medicīna (Complementary Medicine), uztura bagātinātāji (Dietary Supplements), medicīnas vēsture (History of Medicine), toksikoloģija (Toxicology), veterinārās zinātnes (Veterinary Science); žurnālu veidi (Journal categories): - klīniskie žurnāli (Core clinical journals), - zobārstniecības žurnāli (Dental journals), - MEDLINE žurnāli, - māszinību žurnāli (Nursing journals); vecuma grupas (Ages). Vecuma intervāli sākot no jaundzimušiem līdz 80 un vairāk gadiem (80 and over); meklēšanas lauki (Search fields). Izvēloties atbilstošo filtru, uz tā ir jānoklikšķina. Atsakoties no jau izvēlētā filtra, arī uz tā ir jānoklikšķina. Kad filtri ir uzstādīti, tie ir pārskatāmi saraksta veidā virs rezultātu saraksta (sk att.). Visus ierobežojošos filtrus kopā var atcelt, izmantojot komandu Clear all gan horizontālajā, gan vertikālajā joslā. Vienas grupas filtrus var atcelt ar komandu Clear pretī šīs filtru grupas nosaukumam attēls. Aktīvo filtru paziņojuma josla Pilnu filtru sarakstu redz, atverot Choose additional filters sarakstu. Šajā sarakstā ar ķeksīšu palīdzību izvēlas vai atceļ sev nepieciešamās ierobežojošo filtru grupas, ko apstiprina ar Apply (sk att.). 23

24 2.13. attēls. Ierobežojošo filtru grupu izvēle Dažas no filtru grupām netiek parādītas pilnībā. Tās papildus jāatver ar komandu more (sk att.) un jāizvēlas nepieciešamās filtru apakškategorijas, apstiprinot ar Apply attēls. Filtru grupas pilns saraksts 24

25 2.5. Meklējumu vēsture (History) Katrs PubMed veiktais meklējums tiek automātiski saglabāts sadaļā Advanced meklējumu vēstures sadaļā History (sk att.), uzrādot meklējuma veikšanas laiku, kas fiksēts pēc ASV laika, un atlasīto ierakstu skaitu. Meklējumu vēsture saglabājas 8 stundas pēc pēdējās aktivitātes sistēmā. Kopumā History var iekļaut 100 meklējumus. Katram meklējumam History sadaļā tiek piešķirts savs kārtas numurs, pēdējais veiktais meklējums tiek uzrādīts saraksta augšdaļā attēls. History saglabātie meklējumi Komanda automātiskai meklējuma pievienošanai meklēšanas logā Meklējuma izteiksmes Vēstures dzēšana Meklējuma kārtas numurs Atlasīto ierakstu skaits Meklējuma veikšanas laiks History ne tikai saglabā jau veiktos meklējumus, bet piedāvā veikt arī jaunus, kombinējot meklējumu izteiksmes un izmantojot Būla operatorus: Klikšķinot uz savstarpēji kombinējamo meklējumu kārtas numura, izkrītošā izvēlne piedāvā Būla operatorus un dažādas citas iespējas (sk att.). Izvēloties nepieciešamo Būla operatoru, meklēšanas logā automātiski veidojas jauna meklēšanas stratēģija, kas balstās uz saglabāto meklējumu kārtas numuriem. Piemērs: (#7) AND #10 (sk att.) attēls. Komandas meklējumu kombinēšanai attēls. Automātiski veidota meklēšanas izteiksme 25

26 Identisku meklējumu var arī iegūt meklēšanas logā, ar roku ierakstot meklējumu kārtas numurus, un tos savstarpēji kombinējot ar Būla operatoriem. Piemērs: #7 AND #10. Meklējuma logā, ierakstot attiecīgo meklējuma kārtas numuru, ar Būla operatoru starpniecību to iespējams savienot ar atsevišķu teksta vārdu, teksta vārdiem vai citu meklējumu kārtas numuriem. Piemērs: #24 AND reviews. Pēc tam, kad meklēšanas stratēģija ir gatava, to apstiprina ar komandu Search, rezultātā apskatāms jauns rezultātu saraksts. Savukārt, lietojot komandu Add to history, meklējums tiek veikts, bet lietotājs atrodas turpat History logā. Ja no vēstures jādzēš kāds no meklējumiem, tad noklikšķina uz konkrētā meklējuma kārtas numura un no izkrītošās izvēlnes izvēlas komandu Delete from history. Veiktos meklējumus var arī vēlreiz apskatīt rezultātu sarakstā (Show search results), meklējuma detaļu lodziņā (Show search details), kā arī saglabāt savā gudrajā aģentā (Save in My NCBI). Gadījumā, ja ir pilnībā jāattīra meklējumu vēsture, var izmantot iespēju Clear History (attīrīt meklējumu vēsturi), kuru aktivizējot, sistēma izdzēš visus History iepriekš saglabātos meklējumus Citi meklēšanas rīki MeSH datubāze (MeSH Database) MeSH ir ASV Nacionālās Medicīnas bibliotēkas izstrādāta un uzturēta medicīnas terminu vārdnīca jeb tezaurs, kas pirmo reizi publicēts gadā. MeSH ir vienīgais tezaurs, kuru izmanto priekšmetošanai un informācijas meklēšanai medicīnas datubāzēs, arī PubMed. Tas ir tulkots vairākās valodās. MeSH Database (sk att.) ir viena no NCBI datubāzēm attēls. MeSH datubāze 26

27 Pamatrubrikas (main headings) jeb deskriptori (descriptors). Pamatrubrikas jeb deskriptori raksturo grāmatas vai žurnāla raksta tematiku. Galvenie termini tezaurā ir izkārtoti 16 galvenajās kategorijās: Anatomija; Organismi; Slimības; Ķīmiskas vielas un zāles; Analītiskā, diagnostiskā un terapeitiskā tehnika un aprīkojums; Psihiatrija un psiholoģija; Bioloģijas zinātnes; Dabas zinātnes; Antropoloģija, Izglītība, Socioloģija un sociālās parādības; Tehnika, Rūpniecība, Lauksaimniecība; Humanitārās zinātnes; Informācijas zinātnes; Personu grupas; Veselības aprūpe; Publikāciju tipi; Ģeogrāfiskie nosaukumi. Daudziem deskriptoriem ir sinonīmi. Sinonīmi kopā ar galveno terminu tiek apvienoti kopīgā deskriptorblokā. Sinonīmu apkopošana nodrošina labākas iespējas informācijas meklētājam nonākt pie nepieciešamā termina un terminam piesaistītā žurnāla raksta, grāmatas bibliogrāfiskā apraksta vai pilnā teksta. Apakšrubrikas (subheadings, qualifiers). Papildus galvenajiem terminiem MeSH piedāvā apakšrubrikas, kas nodrošina iespēju galveno terminu parādīt konkrētā aspektā. Piemēram, terminam sirds slimības var pievienot apakšrubriku ķirurģija, terminam lūzumi pievienot apakšrubriku rehabilitācija. MeSH hierarhija. Katra no galvenajām kategorijām dalās sīkāk vairākās apakškategorijās ar dalījumu no vispārīgā uz specifisko. Tādējādi izveidojas tezauram raksturīgā hierarhiskā koka struktūra, kurā termini izkārtoti vairākos līmeņos. Līmeņu skaits katram atzarojumam var atšķirties, nepārsniedzot maksimāli iespējamos 11 līmeņus vienā zarā. Daļa terminu tezaurā minēti tikai vienu reizi, līdz ar to tie atrodas tikai vienā zarā. Katram terminam tiek piešķirts unikāls kods, kuru veido burta un ciparu kombinācija un kas norāda termina atrašanās vietu hierarhiskajā koka struktūrā. MeSH tezaurā termins var atrasties arī vairākos zaros, atkarībā no aspekta, kādā termins tiek apskatīts. Piemēram, termins deguns atrodams trīs zaros: deguns kā ķermeņa daļa, deguns kā elpošanas sistēmas daļa, deguns kā maņu orgāns. Norādes. Terminu savstarpējās attiecības tezaurā tiek organizētas ar norāžu palīdzību. Visi iespējamie sinonīmi uzrādās kā Entry Terms. Piemērs: Epistaxis Entry Terms: Nasal Bleeding Bleeding, Nasal Bleedings, Nasal Nasal Bleedings Nose Bleed Nose Bleeds Nosebleed See also ir mijnorādes, kas norāda, ka cits, plašāks radniecīgs termins ir saistīts ar šo terminu. Mijnorādes arī rāda pāreju uz tādu pašu terminu citā hierarhiskā koka zarā. Mijnorādes lietotājam iesaka, kā vēl varētu meklēt nepieciešamo terminu. 27

28 Piemēri: Nose See also Rhinoplasty Heart See also Angiocardiography Anti-Arrhythmia Agents Ballistocardiography Cardiotonic Agents Electrocardiography Myocardium Veicot meklēšanu, MeSH Database meklēšanas logā jāieraksta interesējošais teksta vārds. Meklējumu var uzsākt arī PubMed meklēšanas logā, tikai pa kreisi no tā jānorāda, ka meklējums tiks veikts MeSH datubāzē. Pēc meklējuma apstiprināšanas ar Search, sistēma saraksta veidā atlasa medicīnas priekšmetus, kas atbilst meklētajam teksta vārdam. Atlasītajā priekšmetu sarakstā redzamas tās MeSH rubrikas, kuru nosaukumi vai to skaidrojumi satur meklēto vārdu, tādējādi parādot konkrēto terminu dažādos aspektos. Apskatītajā piemērā priekšmeta influenza (gripa) dažādie aspekti ir cilvēka gripas vīruss, vīrusa paveids, vakcinācija pret gripu u. c. (sk att.) attēls. Meklējums MeSH datubāzē Atrasto terminu kopskaits Termins MeSH vārdnīcā Termina skaidrojums Termina ieviešanas/ pārskatīšanas gads Kad ir izvēlēts interesējošais medicīnas priekšmets, atveras jauna lapa, kurā tiek sniegta termina definīcija, sinonīmi, norādīts tā lietojuma periods datubāzē, piedāvātas apakšrubrikas, norādīta termina vieta hierarhiskajā MeSH koka struktūrā un saistītie termini (sk att.). 28

29 2.20. attēls. Meklēšanas stratēģijas atspoguļojums MeSH meklējuma logā Termina definīcija Apakštēmu izvēle Priekšmets kā galvenais tēmas apzīmējums Priekšmeta neizvēršana Sinonīmi MeSH priekšmeta hierarhiskais skatījums Precīzākiem atlases rezultātiem MeSH Database piedāvā iespēju savstarpēji kombinēt medicīnas priekšmetus. Medicīnas priekšmetu kombi nēšanu var veikt uzreiz pēc pirmā priekšmeta nosūtīšanas uz MeSH meklēšanas logu (Add to search builder), un, neizejot no MeSH Database, turpinot meklēt nākamo priekšmetu un to atkal kopā ar apakšrubrikām nosūtīt uz MeSH meklēšanas logu, pielietojot atbilstošu Būla operatoru. Gatavo meklējumu izteiksmi, kas izveidota MeSH meklēšanas logā, pārsūta uz PubMed logu (Search PubMed) (sk att.). Pārejot no MeSH Database uz PubMed sistēmu, meklēšanas uzsākšanai tiek piedāvāta iespēja: izvēlēties konkrēto priekšmetu kā galvenās tēmas apzīmējumu ierakstā (Restrict to MeSH Major Topic); priekšmetu neizvērst (Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy), kas nozīmē, ka priekšmeti, kas MeSH kokā atradīsies zem attiecīgās rubrikas, meklēšanas procesā nepiedalīsies (sk att.). Ja meklēšanā tiek izmantota tikai MeSH Database, tiks zaudēti apmēram 8% no visiem ierakstiem datubāzē PubMed, jo MeSH termini jaunajiem ierakstiem vēl nav pievienoti. Jāņem vērā arī cilvēciskais faktors, jo priekšmetu terminu pievienošanu veic cilvēki, tāpēc pastāv iespēja pieļaut kļūdas. Iepriekš minēto iemeslu dēļ, meklējot informāciju PubMed, vislabākā meklēšanas stratēģija ir MeSH terminu apvienošana ar teksta vārdiem. 29

30 2.21. attēls. Meklēšanas stratēģijas veidošana MeSH meklējuma logā Žurnālu datubāze (Journals in NCBI Databases) Žurnālu datubāze (Journal in NCBI Databases) atvieglo informācijas meklēšanu par žurnāliem, kuru raksti tiek indeksēti PubMed. Lai strādātu ar žurnālu datubāzi, PubMed sākumlapā jāizvēlas saite Journals in NCBI Databases (sk att.), vai arī PubMed sākumlapā ekrāna kreisajā augšējā stūrī izvēlas sadaļu Resources, tad Literature un Journals in NCBI Databases (sk att.) attēls. Nokļūšana uz žurnālu datubāzi (1) 30

31 2.23. attēls. Nokļūšana uz žurnālu datubāzi (2) attēls. Žurnālu datubāze Žurnālu datubāzē var veikt meklējumu (sk att.): ierakstot pilnu žurnālu nosaukumu; ierakstot daļu no nosaukuma; ierakstot tēmu; ierakstot žurnāla saīsinājumu; ierakstot žurnāla starptautisko seriālo numuru (ISSN); pārlūkojot žurnālus pēc tēmām (Browse MEDLINE Journals). Atrastais žurnālu saraksts tiek sakārtots nosaukumu alfabētiskā secībā. Katrs ieraksts satur sekojošas ziņas: pilns žurnāla nosaukums; ISSN (ja žurnāls pastāv gan iespiestā, gan elektroniskā veidā, var būt norādīti divi numuri: pissn un eissn); žurnāla nosaukuma saīsinājums; īpašais žurnāla numurs, ko tam piešķīrusi ASV Nacionālā medicīnas bibliotēka. 31

32 Žurnālu sarakstu var papildus ierobežot sadaļā Limits. Tāpat arī var pievienot jaunus meklēšanas nosacījumus, piemēram, autora vārdu, medicīnas priekšmetu rubrikas u.c. sadaļā Advanced (sk att.). Atrasto žurnālu sarakstā, noklikšķinot uz konkrētu žurnāla nosaukuma, atvērsies jauns logs, kurā ir ziņas par izdevēju, iznākšanas biežumu, nosaukumu maiņām, norādīts ISSN numurs, izdošanas sākuma datums, nosaukuma saīsinājums, abreviatūra un citi parametri, kā arī tiek norādīta saite uz žurnāla tīmekļa vietni, ja tāda eksistē (sk att.) attēls. Informācija par žurnālu Lai veiktu viena konkrēta žurnāla rakstu meklēšanu PubMed, nepieciešams pārsūtīt šī žurnāla nosaukumu no Journal in NCBI Databases uz PubMed. Žurnālu sarakstā pirms žurnāla nosaukuma lodziņā ieklikšķina ķeksīti, vai arī atver pilnu informāciju par žurnālu un PubMed search builder sadaļā pievieno atzīmēto žurnālu ar komandu Add to search builder, un veic meklējumu ar Search PubMed (sk att.). Rezultāti tiks parādīti PubMed datubāzē saraksta veidā. Šāda meklē juma rezultātā tiks atrasti visi konkrētā žurnāla raksti, kas sakārtoti apgriezti hronoloģiskā secībā (sk att.). Iegūtais saraksts ietver ierobežojošo filtru joslu un iespēju ar RSS tehnoloģiju palīdzību saņemt jaunākos šī žurnāla rakstus uz savu RSS ziņu lasītāju, vai arī iespēju saglabāt šo sarakstu savā gudrajā aģentā. 32

33 2.26. attēls. Konkrēta žurnāla rakstu pilns saraksts Konkrētu ierakstu meklēšana (Single Citation Matcher) Datus par konkrētu publikāciju visvienkāršāk atrast galvenās izvēlņu joslas sadaļā Single Citation Matcher (sk att.). Ar Single Citation Matcher palīdzību var atrast PubMed žurnālu rakstus pēc jebkura no bibliogrāfiskā apraksta elementiem: pēc raksta nosaukuma, autora, žurnāla nosaukuma, datuma, žurnāla sējuma un raksta lappusēm. Pat tikai tad, ja ir zināms gads, kurā raksts publicēts un raksta pirmā lappuse, iespējams atrast ziņas par šo rakstu attēls. Konkrētu ierakstu meklēšana Nav obligāti jāaizpilda visus meklēšanas logus, pietiekami ir aizpildīt tikai dažus no tiem (sk att.): Journal žurnāla nosaukums. Var ierakstīt pilnu žurnāla nosau kumu, vai arī tā pieņemto saīsinājumu, piemēram, Am J Med. Līdzko tiek sākta žurnāla nosaukuma rakstīšana, parādās izvēlne ar iespējamiem žurnāla nosaukuma variantiem, no kuriem var izvēlēties vajadzīgo; Date iznākšanas datums: gads, mēnesis, datums. Var tikt ierakstīti jebkuri elementi, piemēram, 1998 vai 1998/03 vai 1998/03/06; Volume žurnāla sējuma numurs; Issue žurnāla iznākšanas numurs; First page raksta pirmā lappuse; 33

34 Author name autora uzvārds un iniciāļi (ja zināmi), piemēram, Johnson PH. Līdzko tiek uzsākta autora uzvārda rakstīšana, parādās izvēlne ar iespējamiem autora uzvārda variantiem, kurus iespējams izvēlēties noklikšķinot uz tā; Klikšķinot uz Only as first author, var norādīt, ka konkrētais autors jāmeklē kā pirmais autors, vai, klikšķinot uz Only as last author, var norādīt, ka autors jāmeklē kā pēdējais autors; Title words raksta nosaukums (pilns vai daļējs). Kad zināmie dati ir ievadīti, spiežot komantu Go, tiek atrasts konkrētais raksts, kas tiek piedāvāts Abstract skata formātā attēls. Konkrētas publikācijas meklēšana sadaļā Single Citation Macher Žurnāla nosaukums Žurnāla izdošanas laiks Raksta pirmās lappuses numurs Žurnāla sējums, numurs Autora uzvārds Vārdi raksta nosaukumā Meklējuma veikšana Ierakstītā teksta dzēšana Meklēšana pēc pirmā autora Meklēšana pēc pēdējā autora Meklēšana pēc klīniskajiem jautājumiem (Clinical Queries) Klīniskie jautājumi Clinical Queries ir meklēšanas rīks, kas atvieglo informācijas meklēšanu uz pierādījumiem balstītas medicīnas resursos datubāzē PubMed iekļauto ierakstu robežās (sk att.). Meklēšana sadaļā notiek, izmantojot sistēmā jau iestrādātos meklēšanas filtrus. Izmantojot apskatīto meklēšanas rīku, jāņem vērā, ka, veicot meklējumu, vismaz daži no datubāzē pieejamajiem atbilstošajiem ierakstiem netiks atrasti, toties meklējuma veikšanai vajadzēs veltīt maz laika. Specializētu meklēšanu sadaļā Clinical Queries var veikt trīs apakšsadaļās (sk att.): klīnisko jautājumu kategorijas (Clinical Study Categories); sistemātiskie pārskati (Systematic Reviews); medicīniskā ģenētika (Medical Genetics). 34

35 2.29. attēls. Meklēšana pēc klīniskajiem jautājumiem attēls. Klīnisko jautājumu sadaļa PubMed Sistēma vienlaicīgi veic meklējumu visās apakšsadaļās, norādot trīs atsevišķus rezultātu sarakstus, kuros sākotnēji redzami pirmie 5 ieraksti, bet katru no tiem var izvērst ar komandu See all saraksta apakšā. Klīnisko jautājumu kategorijas (Clinical Study Categories). Specializētā meklēšana pēc klīnisko jautājumu kategorijām ir paredzēta praktizējošiem ārstiem. Sistēmā iebūvētie meklēšanas filtri (skat att.) ir izstrādāti un atjaunoti, balstoties uz R. B. Heinsa (R. B. Haynes), kurš pārstāv Makmāstera universitāti, (McMaster University) (Hamiltonā, Kanādā), un viņa kolēģu atzinumiem. 35

36 2.3. tabula. Klīnisko jautājumu kategorijas un to filtri Kategorija (klīnisko jautājumu kategorija) Terapija (therapy) Diagnostika (diagnosis) Etioloģija (etiology) Prognoze (prognosis) Klīniskās prognozes noteikšanas vadlīnijas (clinical prediction guides) Optimizācija (uzsvara vai aptvēruma filtri) Jutīga / plaša (sensitive / broad) Specifiska / šaura (specific / narrow) Jutīga / plaša (sensitive / broad) Specifiska / šaura (specific / narrow) Jutīga / plaša (sensitive / broad) Specifiska / šaura (specific / narrow) Jutīga / plaša (sensitive / broad) Specifiska / šaura (specific / narrow) Jutīga / plaša (sensitive / broad) Specifiska / šaura (specific / narrow) Jutība / Specifiskums 99% / 70% 93% / 97% 98% / 74% Ekvivalenta meklēšana PubMed datubāzē (meklēšanas filtrs (MeSH priekšmets, apakšrubrikas, teksta vārdi, publikācijas tips)) ((clinical [Title/Abstract] AND trial [Title/ Abstract]) OR clinical trials [MeSH Terms] OR clinical trial [Publication Type] OR random* [Title/Abstract] OR random allocation [MeSH Terms] OR therapeutic use [MeSH Subheading]) (randomized controlled trial [Publication Type] OR (randomized [Title/Abstract] AND controlled [Title/Abstract] AND trial [Title/Abstract])) (sensitiv* [Title/Abstract] OR sensitivity and specificity [MeSH Terms] OR diagnos*[title/ Abstract] OR diagnosis [MeSH:noexp] OR diagnostic * [MeSH:noexp] OR diagnosis, differential [MeSH:noexp] OR diagnosis [Subheading:noexp]) 64% / 98% (specificity[title/abstract]) 93% / 63% 51% / 95% 90% / 80% 52% / 94% 96% / 79% (risk*[title/abstract] OR risk*[mesh:noexp] OR risk *[MeSH:noexp] OR cohort studies [MeSH Terms] OR group*[text Word]) ((relative [Title/Abstract] AND risk*[title/ Abstract]) OR (relative risk [Text Word]) OR risks [Text Word] OR cohort studies [MeSH:noexp] OR (cohort [Title/Abstract] AND stud*[title/abstract])) (incidence [MeSH:noexp] OR mortality [MeSH Terms] OR follow up studies [MeSH:noexp] OR prognos*[text Word] OR predict*[text Word] OR course*[text Word]) (prognos*[title/abstract] OR (first[title/ Abstract] AND episode[title/abstract]) OR cohort [Title/Abstract]) (predict*[tiab] OR predictive value of tests [mh] OR scor*[tiab] OR observ*[tiab] OR observer variation [mh]) 54% / 99% (validation [tiab] OR validate [tiab]) Meklēšanas izteiksmi var veidot Clinical Queries meklēšanas logā vai arī iekopēt jau gatavu meklējuma izteiksmi, kas izveidota, izmantojot citus PubMed meklēšanas rīkus, ieskaitot MeSH Database iespējas. Izveidoto meklējuma izteiksmi var precizēt pēc vienas no piecām klīnisko jautājumu kategorijām (Category), kurām automātiski tiek pievienots atbilstošais meklēšanas filtrs: etioloģija; diagnoze; terapija; prognoze; klīniskās prognozēšanas vadlīnijas. 36

37 Vēl sistēma ļauj izvēlēties vienu no aptvēruma filtriem (Scope): ierobežots, specifisks meklējums (narrow, specific search) vai plašs meklējums (broad, sensitive search). Sistemātisko pārskatu meklēšana (Systematic Reviews). Meklēšanas rīks paredzēts, lai praktizējošiem ārstiem atvieglotu sistemātisko pārskatu un tiem radniecīgo publikāciju atrašanu. Meklējot apskatītajā apakšsadaļā, tiks atlasīti ieraksti par sistemātiskajiem pārskatiem, metaanalīzēm, klīnisko jautājumu pārskatiem, konferenču materiāliem un vadlīnijām un citiem uz pierādījumiem balstītas medicīnas resursiem. Apskatītās apakšsadaļas ietvaros iekļauti ieraksti no žurnāliem, kas specializējas klīnisko pārskatu pētīšanā. Medicīniskās ģenētikas resursi (Medical Genetics). Meklēšanas rīks ļauj sameklēt ierakstus par dažādiem ar medicīnisko ģenētiku saistītiem tematiem. Apskatītā apakšsadaļa izveidota, sadarbojoties Vašingtonas univer sitātei ar ASV Nacionālā veselības institūta Ģenētisko izmeklējumu laboratoriju. Pēc atbilstošās kategorijas un meklējuma aptvēruma izvēlēšanās sistēma pati veiks sarežģīto meklējuma ierobežošanas procesu. Meklējumu var sašaurināt, izvēloties kādu no apakštēmām (Topic). Kopsavilkums PubMed piedāvā veikt meklēšanu, meklēšanas logā ierakstot teksta vārdus, autora vārdu, žurnālu nosaukumu vai noteiktu frāzi, pielietojot Būla operatorus, nošķelšanas zīmes un meklēšanas lauka etiķetes. Precīzākai meklēšanai var pielietot paplašinātās meklēšanas (Advanced) iespējas ar ērti lietojamām izkrītošām izvēlnēm meklēšanas lauku mainīšanai, jaunu meklēšanas lauku pievienošanu un indeksu pielietošanu. Specifiskāka meklēšana ir iespējama sadaļās Single Citation Matcher, Journals in NCBI Database, Clinical Queries un MeSH Database. MeSH jeb medicīnas priekšmetu rubrikas ir ASV Nacionālās medicīnas bibliotēkas izstrādāta un uzturēta īpaša hierarhiski strukturēta medicīnas terminu vārdnīca ar daudzveidīgu norāžu sistēmu, ko izmanto medicīnas literatūras satura atklāšanai, indeksēšanai, kataloģizēšanai un meklēšanai. Meklējumu rezultātus iespējams precizēt, uzstādot tiem ierobežojumus (Filters). PubMed ieraksti iekļauj arī saites uz citiem saistītiem ierakstiem (Related Articles). PubMed veiktie meklējumi tiek saglabāti sadaļā History, kas nodrošina atkārtotu rezultātu skatīšanu un veikto meklējumu kombinēšanu. Izmantotās meklējuma stratēģijas pilna izteiksme redzama meklējuma detaļu Search Details logā. 37

38 3. Rezultātu pārvaldīšana 3.1. Rezultātu saraksts Pēc meklējuma veikšanas PubMed ekrānā ir redzams rezultātu saraksts. Iegūtie ieraksti tiek parādīti Summary formātā (sk att.). Tajā iekļauti raksta nosaukums, autori un avota informācija. Ja meklēšanas rezultātā atrasts tikai viens ieraksts, tas tiek parādīts Abstract formātā ar raksta pamatinformācijai pievienotu anotāciju. Rezultāti tiek grupēti pa 20 ierakstiem vienā skata formā. To kārtojums ir apgriezti hronoloģisks, un saraksta sākumā ir paši jaunākie ieraksti attēls. Rezultātu saraksta skaidrojumi Rezultātu ierobežošana Rezultātu skaits Pārvietošanās pa rezultātu sarakstu Papildrīku josla Raksta nosaukums Autori Ziņas par izdevumu (nosaukums, izdošanas laiks, sējumi, lpp.) Identifikācijas numurs Norādes Rezultātu saraksta labajā pusē redzams filtru piedāvājums, ar kuru palīdzību iespējams sašaurināt rezultātu sarakstu. Labajā pusē no rezultātu saraksta apskatāma papildrīku josla (Discovery), ar kuras palīdzību jebkurā laikā var dažādot meklējumu. Tajā var tikt iekļauta rezultātu grupēšana pēc individuāli uzstādītiem filtriem, dažādi piedāvātie saistītie meklējumi, rezultātu saraksts, kuros atslēgvārds ir ietverts nosaukumā, PubMed Central pilno tekstu saraksts, saites uz citām saistītām datubāzēm, meklējuma gaitas pieraksts un nesen veiktie meklējumi. Katru no šīm sadaļām var sakļaut vai izvērst (Show/Hide content), kā arī, izmantojot gudrā aģenta uzstādījumus, šo joslu papildināt. 38

39 3.2. Skata formas (Display Settings) un ierakstu grupēšana Display Settings izvēlne ļauj sakārtot atrastos ierakstus pēc noteikta skata formāta, pēc noteikta iesakstu skaita lapā, kā arī pārgrupēt to kārtību (sk att.). Display Settings piedāvā vairākas skata formu izmaiņas: Format sadaļā var izvēlēties dažādas ieraksta skata formas (Summary, Abstract, MEDLINE, PMID list u.c.); Items per page iespēja mainīt ierakstu skaitu vienā lappusē. Ērtības labad var izvēlēties parādīt visu sarakstu, lai netērētu laiku lappušu šķirstīšanai; Sort by iespēja pārgrupēt rezultātu sarakstu pēc dažādām pazīmēm: pēc publicēšanas datuma (Pub Date), pēc pirmā autora alfabēta (First Author), pēc pēdējā autora alfabēta (Last Author), pēc raksta nosaukuma alfabēta (Title) vai žurnālu nosaukuma alfabēta (Journal) attēls. Skata formu maiņas iespējas Pēc noklusējuma PubMed ieraksti sarakstā ir apskatāmi kopsavilkuma formā (Summary) ar 20 ierakstiem vienā lapā, kas kārtoti apgriezti hronoloģiskā secībā, neievērojot kārtību pēdējās nedēļas pievienotajiem ierakstiem (Recently Added) attēls. Summary skata forma Summary skata forma ietver sekojošas ziņas (sk att.): raksta nosaukums, autori, ziņas par raksta avotu (žurnāla nosaukuma abreviatūra, izdošanas gads, sējums, numurs, lappuses un valoda (ja pilnais teksts nav angļu valodā), PubMed raksta identifikācijas numurs, ieraksta statuss (izdevēja iesniegts raksts, MEDLINE indeksēts raksts, ieraksts apstrādes procesā u. c.), saistīto ierakstu saite, ziņas par brīvpieeju, kā arī ziņas par 39

40 valodu, kurā pieejams pilnais teksts. Ar šo ieraksta formātu ir saistīta anotācija par rakstu, kuru var atvērt, klikšķinot uz raksta virsraksta. Abstract formāts (sk att.) rāda raksta kopsavilkumu ar nelielu šī raksta anotāciju. Šajā formātā iekļauta sekojoša informācija: raksta avots, raksta nosaukums, autori, raksta valoda (ja pilnais teksts nav angļu valodā), pirmā autora piederība, adrese, anotācija, PubMed raksta identifikācijas numurs, statusa ziņas, pievienotā informācija (publikācijas veids, MeSH termini, ziņas par vielām, pievienotie jēdzieni, piešķirtā finansējuma numurs, saites uz citiem resursiem ar pilnajiem tekstiem, saistīto ierakstu saraksts) attēls. Abstract skata forma MEDLINE formāts (sk att.) rāda visus PubMed ieraksta veidojošos bibliogrāfiskos laukus. Citi skata formu formāti: Summary (Text) formāts paredzēts tā iekļaušanai atsauču sarakstos. Tas varbūt noderīgs kopēšanas, drukāšanas, saglabāšanas darbībās, kā arī sūtīšanai pa e-pastu. Abstract (Text) ietver daudz pilnīgāku informāciju nekā Summary (Text) formāts, iekļaujot gan pamatinformāciju, gan anotāciju, bet izslēdzot papildinošos datus. Arī šis varbūt noderīgs kopēšanas, drukāšanas, saglabāšanas darbībās, kā arī sūtīšanai pa e-pastu. XML formāts paredzēts PubMed ierakstu integrēšanai citās sistēmās. PMID List sniedz ierakstu identifikācijas numuru sarakstu, lai vēlāk viegli sameklētu nepieciešamos rakstus. 40

41 3.5. attēls. MEDLINE skata forma 3.3. Ierakstu nosūtīšana (Send to) Send to nodrošina iespēju nepieciešamos ierakstus saglabāt vai pār sūtīt (sk att.): Send to File saglabāt; Send to Clipboard nosūtīt uz starpliktuvi jeb īslaicīgo krātuvi (Clipboard); Send to Collections saglabāt ierakstus savās privātajās My NCBI kolekcijās; Send to pārsūtīt ierakstus pa e-pastu; Send to My Bibliography nosūtīt uz savu bibliogrāfisko sarakstu attēls. Ierakstu nosūtīšanas (Send to) iespējas Nosūtīt iespējams atsevišķu rakstu, rakstu izlases vai visu sarakstu kopumā. Saglabājot un nosūtot ierakstus pa e-pastu, tiem papildus izvēļņu logā ir iespējams norādīt nepieciešamo skata formu un grupējumu. 41

42 Kopsavilkums Pēc noklusējuma PubMed ieraksti rezultātu sarakstā ir apskatāmi kopsavilkuma formā (Summary) ar 20 ierakstiem vienā lapā, kas kārtoti apgriezti hronoloģiskā secībā, neievērojot kārtību pēdējās nedēļas pievien o- tajiem ierakstiem (Recently Added). Taču PubMed piedāvā ierakstus apskatīt dažādos ekrānu skatos, dažādās ierakstu skata formās un mainīt saraksta kārtojuma veidus. Meklējumos iegūtos ierakstus var saglabāt vai pārsūtīt. 42

43 4. Rezultātu saglabāšana No rezultātu saraksta izvēlētus konkrētus ierakstus ir iespējams saglabāt, izmantojot: starpliktuvi Clipboard (īslaicīgā saglabāšana); gudrā aģenta My NCBI iespējas, saglabājot visu meklējumu (Save Search), atsevišķu ierakstu kolekciju (Collection) vai veidojot bibliogrāfiskos sarakstus (My Bibliography); Really Simple Syndication (RSS) Īslaicīgā saglabāšana (Clipboard) Clipboard ļauj no viena vai vairākiem veiktajiem meklējumiem izvēlētos ierakstus vai visu sarakstu kopumā saglabāt uz neilgu laiku (īslaicīgi), t. i., visu darbības laiku un vēl 8 stundas pēc pēdējās aktivitātes sistēmā PubMed. Ar Clipboard palīdzību iespējams izveidot ierakstu sarakstus, kurus var izdrukāt vai arī vēlāk saglabāt ilglaicīgi, izmantojot individuālā meklēšanas aģenta My NCBI iespējas. Clipboard var ievietot līdz 500 ierakstiem. Ierakstu saglabāšana Clipboard. Lai saglabātu Clipboard, veiktā meklējuma rezultātu sarakstā atzīmē interesējošos ierakstus (ieklikšķinot pirms tiem ķeksīti) un, izmantojot izvēlni Send to, nosūta tos uz Clipboard, apstiprinot ar Add to Clipboard (sk att.). Ja uz Clipboard jānosūta viss rezultātu saraksts, ierakstu atzīmēšana nav jāveic, bet uzreiz jāizmanto izvēlne Send to Clipboard attēls. Nosūtīšana uz Clipboard Kad ir veikta saglabāšana, virs rezultātu saraksta norādīts, ka atbilstošie ieraksti ir ievietoti īslaicīgajā krātuvē, bet pie pašiem ierakstiem redzama norāde Items in Clipboard. Savukārt ekrāna labās puses joslā redzama atzīme Clipboard ar saglabāto ierakstu skaitu tajā. Klikšķinot uz šīs saites, var apskatīt saglabāto ierakstu sarakstu (sk att.). Norādes par īslaicīgā 43

44 krātuvē ievietotajiem ierakstiem redzamas arī PubMed sākuma skatā (sk. 4.3 att.). Visi Clipboard saglabātie ieraksti tiek atrādīti saraksta veidā, kuru var sakārtot pēc datuma, nosaukuma, autora u. c. parametriem (Display Settings; Sort by), un, ja nepieciešams, izdrukāt vai pārveidot dažādos skata formātos (Display Settings; Format), veikt saglabāšanas darbības, kā arī aizsūtīt (Send to) uz e-pastu vai ilgstoši saglabāt (sk att.) gudrajā aģentā (My NCBI) attēls. Norādes par Clipboard 4.3. attēls. Norādes par Clipboard PubMed sākuma skatā Ieraksti Clipboard krātuvē atradīsies visu PubMed darbības laiku, tādēļ tajā var turpināt pievienot ierakstus arī no citiem meklējumiem. Ierakstu dublēšanās gadījumā sistēma to novērsīs. Ierakstu dzēšana no Clipboard. Ja kāds ieraksts no Clipboard saraksta ir jāizdzēš, aiz ieraksta lieto komandu Remove from Clipboard. Ja jāizdzēš vairāki ieraksti, tos atzīmē (ar ķeksīti) un izvēlas Remove selected items (sk att.). Gadījumā, ja no Clipboard jāizdzēš visi ieraksti, izvēlas Remove all items. 44

45 4.4. attēls. Ierakstu grupēšana un dzēšana no Clipboard 4.2. Meklēšanas stratēģijas saglabāšana (Save Search) Veiktā meklējuma stratēģijas un rezultātu saglabāšana. Ja meklējamā tēma interesē lietotāju ilgstošā laika posmā, ir iespējams saglabāt meklēšanas stratēģiju un veikto meklējumu rezultātus, kā arī pasūtīt regulāru jaunāko ierakstu sarakstu savā e-pastā. Saglabāt iespējams gan jaunos, gan iepriekš veiktos meklējumus. Agrāko meklējumu saglabāšanai jālieto sadaļa History. Lai saglabātu meklējumu, vispirms veic nepieciešamo meklējumu un tad klikšķina uz Save Search saiti un apstiprina ar Save (sk att. un 4.6. att.). Saglabājot meklējumu, var mainīt tā nosaukumu (sk att.) attēls. Meklējuma saglabāšanas uzsākšana 4.6. attēls. Meklējuma nosaukuma piešķiršana vai mainīšana 45

46 Sistēma piedāvā izvēlēties jaunāko ierakstu sūtījumu saņemšanas regularitāti, ierakstu formātu, skata formu un ierakstu skaitu (sk att.). Šos nosacījumus var mainīt, izmantojot My NCBI sadaļu Saved Searches. Saglabātajos sarakstos netiek saglabāta saite Related citations attēls. Meklējuma nosacījumu uzstādīšana Ja sistēmai atjauninājumus neizdodas piegādāt 3 reizes, e-pasta adrese tiek atzīta par kļūdainu. Ja atjauninājumu saraksts nav atsūtīts, nākošajā sarakstā būs ietverti izlaistie ieraksti. Ar vienu lietotājvārdu maksimāli var saglabāt 100 meklējumus attēls. Saglabātā meklējuma apskatīšana 46

47 4.9. attēls. Saglabāto meklējumu saraksts Saglabātā meklējuma apskatīšana. Lai apskatītu saglabātos meklējumus, jāieiet My NCBI sadaļā Saved Searches (sk att.), kur redzami pēdējie saglabātie meklējumi un šo meklējumu jaunāko ierakstu skaits kopš pēdējās skatīšanās reizes. Kolonnā What s New, noklikšķinot uz kādu no skaitļiem, atvērsies šī meklējuma jaunāko ierakstu saraksts, kuri pievienoti sarakstam pēc pēdējās skatīšanās reizes. Lai pilnībā apskatītu visu saglabāto meklējumu sarakstu, jāizvēlas Manage Saved Searches (sk att.). Kolonnā Name apskatāmi visu saglabāto meklējumu nosaukumi. Izvēloties kādu no tiem, ar klikšķināšanu var atvērt pilnu tā ierakstu sarakstu. Izvēloties Settings ikonu ( ), iespējams mainīt meklējuma uzstādījumus, piemēram, nosaukumu un paziņojumu biežumu uz e-pastu un formātu. Par interesējošo tēmu iespējams apskatīt jaunāko ierakstu sarakstu, kurš papildinājies kopš pēdējās datu apskates. Jau Saved Searches sākotnējā skatā redzams, par cik jauniem ierakstiem papildinājies katrs meklējums kopš pēdējās apskates brīža. Savukārt, izvēloties Manage Saved Searches komandu, apskatāms visu saglabāto meklējumu saraksts, kur tabulas kolonna Last Searched parāda, kad notikusi pēdējā atjaunošana, bet, turot kursoru uz izvēlētā ieraksta, parādās uzpeldošs logs ar datumu, kad pēdējo reizi meklējums ir apskatīts. Schedule norāda, cik bieži notiek jaunāko ierakstu sūtīšana uz e-pastu (sk att.). Klikšķinot uz saraksta kolonnu nosaukumiem, saglabātos meklējumus var pārgrupēt nosaukumu alfabētiskā secībā, meklējuma hronoloģiskā secībā, vai pēc ieplānotajiem atjaunināšanas uzstādījumiem. Jaunāko ierakstu apskatīšana. Izvēloties meklējumu, kuram nepieciešams apskatīt atjauninājumus (ieklikšķinot ķeksīti lodziņā pirms tēmas nosaukuma), un, izvēloties komandu What s New (sk att.), atveras tabula, kas parāda šī meklējuma jaunāko ierakstu skaitu (New items found), uz kura noklikšķinot, atveras jaunāko ierakstu saraksts kopš pēdējās saraksta apskatīšanas reizes (sk att.). Ja netiek noklikšķināts uz jaunāko ierakstu saiti, meklējuma datums un laiks netiks atjaunināti. 47

48 4.10. attēls. Jaunāko ierakstu apskatīšana Saglabāto datu mainīšana. Saglabātā meklējuma stratēģiju nevar mainīt. Saglabātos meklējumus pēc rediģēšanas ir jāsaglabā no jauna, bet iepriekšējais meklējums ir jāizdzēš. Meklējumu dzēšana. Saglabāto meklējumu sarakstā, izvēloties meklē jumu un komandu Delete selected item(s), tiek izdzēsts nevajadzīgais meklējums (sk att.) Ierakstu kolekciju saglabāšana (Collection) Atsevišķu ierakstu saglabāšana kolekcijās. My NCBI kolekcija ir lietotāja veidoti ierakstu krājumi, kurus iespējams saglabāt ar noteiktu nosaukumu uz noteiktu laika periodu. No ierakstu saraksta vai arī no atlasītajiem ierakstiem sadaļā Clipboard ar ķeksīšu palīdzību jāatzīmē tie, kurus nepieciešams saglabāt kolekcijā. Izvēlnē Send to jāizvēlas norāde Collections un jāapstiprina ar Add to Collections (sk att.). Collection logā kolekciju skaits ir neierobežots, bet ierakstu skaits vienā kolekcijā var sasniegt 5000 ierakstus. Ja, veidojot kolekciju, ieraksti netiek atzīmēti ar ķeksīšiem, uz kolekciju tiks nosūtīti pirmie 5000 saraksta ieraksti attēls. Ierakstu saglabāšana kolekcijā Collection logā var izveidot jaunu kolekciju Create new collection (sk att.) vai arī pievienot ierakstus jau esošām kolekcijām Append to an existing collection, norādot kolekcijas nosaukumu (sk att.) un apstiprinot to ar Save. 48

49 4.12. attēls. Jaunas kolekcijas veidošana attēls. Ierakstu pievienošana kādai no esošajām kolekcijām attēls. Saglabāto kolekciju apskatīšana Kolekciju apskatīšana. My NCBI sadaļā Collections tiek parādītas visas saglabātās ierakstu kolekcijas. Lai apskatītu pilnu kolekciju sarakstu un rediģētu tās, jāizvēlas saiti Manage Collections (sk att.). Kolekciju sarakstā kolonnā Name apskatāmas visas saglabātās ierakstu kolekcijas (sk att.), kur, klikšķinot uz kolekcijas nosaukuma, iespējams apskatīt visus tās ierakstus. Kolonnā Items redzams katras kolekcijas apjoms, bet, izmantojot komandu Edit, to ir iespējams rediģēt. Kolekcijas var būt privātas, kā arī ir iespējams ar tām dalīties ar citiem datubāzes lietotājiem (Settings / Sharing). Last Modified norāda, kad kolekcija veidota, rediģēta vai atjaunināta. Turot kursoru uz šī datuma, parādās kolekcijas atjaunināšanas datums. Type norāda, vai kolekcija veidota PubMed vai citā NCBI datubāzē. 49

50 4.15. attēls. Pilns saglabāto kolekciju saraksts Lietojot saraksta kolonnu virsrakstus, kolekcijas var sakārtot nosaukumus alfabētiskā secībā, pēc izveidošanas datuma hronoloģiskā secībā, vai pēc ierakstu skaita, ko satur katra kolekcija. Kolekciju rediģēšana. Lai rediģētu kādu no kolekcijām, pretī tās nosaukumam jāizvēlas komanda Edit. Tādējādi iespējams apskatīt kolekcijas saturu, dalīties ar citiem (Make it public), mainīt nosaukumu (Edit settings), saglabāt kolekciju citos formātos (Save), dzēst atsevišķus ierakstus (Delete), kā arī apskatīt ierakstus PubMed formātā (View) un pārgrupēt sarakstu (Display Settings) (sk att.) attēls. Kolekcijas rediģēšana 50

51 Kolekciju apvienošana. Līdzīga satura kolekcijas iespējams apvienot. Lai to izdarītu, sadaļā Collection ar ķeksīti atzīmē apvienojamās kolekcijas un lieto komandu Merge virs kolekciju saraksta (sk att.). Jaunajai kolekcijai jāpiešķir jauns nosaukums. Kolekciju apvienošanas procesā sistēma novērš ierakstu dublēšanos un automātiski dzēš vecās kolekcijas. Ierakstu izdzēšana no kolekcijas. Ja kādu no kolekcijām nepieciešams izdzēst, to atzīmē ar ķeksīti un lieto komandu Delete (sk att.) attēls. Kolekciju apvienošana attēls. Bibliogrāfiskā saraksta veidošana 4.4. Bibliogrāfiskie saraksti (My Bibliography) Bibliogrāfijas sadaļa (My Bibliography) ir paredzēta, lai autoriem būtu vieglāk meklēt un savākt vienuviet no PubMed bibliogrāfiskos ierakstus savām publikācijām. Ierakstus, kurus nevar atrast PubMed, šim sarakstam var pievienot arī manuāli. Bibliogrāfiskā saraksta izveidošana. Vispirms jāveic meklējums, savācot un atzīmējot nepieciešamos ierakstus, un jānosūta tos uz bibliogrāfijas sadaļu (Send to My Bibilography) (sk att.). To apstiprina ar Add to My Bibliography. Bibliogrāfiskos sarakstus var veidot divējādi: Mana biblio grāfija (My Bibliography) un Citi ieraksti (Other Citations). Šie saraksti atrodami arī kolekciju lodziņā (Collection), bet My Bibliography tiek izdalīta atsevišķā My NCBI lodziņā (sk att.). My Bibliography logs norāda ievietoto ierakstu daudzumu, privātuma uzstādījumus un nesen pievienotos ierakstus. 51

52 4.19. attēls. Bibliogrāfiskā saraksta apskatīšana Bibliogrāfiskā saraksta apskate un rediģēšana. Pilna bibliogrāfiskā saraksta apskatei jādodas uz My NCBI sadaļu Manage My Bibliography (sk att.). Bibliogrāfijas rediģēšanas logs ietver dažādas funkcijas (sk att.): Make it public savas bibliogrāfijas publiskošana; Edit settings savu uzstādījumu mainīšana; Save bibliogrāfijas saglabāšana teksta vai Excel formātos; Display Setting saraksta pārgrupēšana; Move atzīmējot ierakstu, tā pārvietošana uz citām bibliogrāfijām (Other Citations); Delete atzīmējot ierakstu, tā izdzēšana; Copy atzīmējot ierakstu, tā iekopēšana citā kolekcijā; View atzīmējot ierakstu, tā apskatīšana PubMed datubāzē; Suggest nosūtīšana uz e-pastu citam saņēmējam; Add citations jaunu ierakstu pievienošana manuāli attēls. Bibliogrāfijas apskate un rediģēšana 52

53 4.5. Pavisam vienkārša apvienošana (RSS) RSS (Really Simple Syndication) ir XML valodā veidots formāts, ko izmanto, lai lietotājiem, kas lieto RSS padeves lasītājus, nosūtītu jaunākos ierakstu sarakstus vai jaunāko informāciju par datubāzi PubMed. RSS funkcija ļauj ģenerēt RSS padevi PubMed meklējumam un RSS lasītājā regulāri informē par jaunākajiem ierakstiem, ietverot saiti atpakaļ uz katru PubMed ierakstu. RSS padeves veidošana (sk att., att., att.): veic meklējumu; klikšķina uz RSS komandu (zem meklēšanas loga); izvēlas ierakstu skaitu, norāda padeves nosaukumu un apstiprina ar Create RSS; spiežot komandu XML, izveidojas jauna interneta adrese, kura jāiekopē savā RSS ziņu lasītājā attēls. RSS padeves veidošana attēls. RSS padeves veidošanas turpinājums (1) attēls. RSS padeves veidošanas turpinājums (2) 53

54 Ja tiek dota priekšroka jaunumu saņemšanai e-pastā, var lietot Save Search funkciju. Lai sekotu līdzi datubāzes PubMed jaunumiem, var izveidot RSS padevi no PubMed sākumlapas (sk att.) attēls. RSS padeves veidošana no PubMed sākumlapas Kopsavilkums Veiktajos meklējumos iegūtos datus īslaicīgi iespējams saglabāt starpliktuvē Clipboard, kur ieraksti saglabājas vēl 8 stundas pēc pēdējās aktivitātes datubāzē PubMed. Ilglaicīgai meklēšanas rezultātu un meklēšanas stratēģijas saglabāšanai PubMed piedāvā izmantot individuālās meklēšanas gudro aģentu My NCBI, iepriekš veicot savu reģistrāciju. Gudrajā aģentā iespējams saglabāt veselu meklējumu un sekot līdzi jaunākajiem ierakstiem tajā. Nepieciešamības gadījumā gudrajā aģentā var saglabāt atsevišķu ierakstu kolekcijas un bibliogrāfiskos sarakstus. Gan no Clipboard, gan no My NCBI var izdrukāt visus meklējumos iegūtos datus vai atsevišķus tā ierakstus saraksta veidā. Izmantojot RSS tehnoloģijas, saglabājot veikto meklējumu un izveidojot RSS padevi, arī iespējams regulāri sekot jaunākām publikācijām par interesējošo tēmu. 54

55 5.1. attēls. Nokļūšana gudrajā aģentā 5. Meklēšanas aģenta (My NCBI) izmantošana Individuālās meklēšanas gudrais aģents (turpmāk tekstā My NCBI) ir rīks, ar kura palīdzību iespējams ērtāk pārlūkot meklējuma rezultātu, pielietojot individuālos rezultātu grupēšanas filtrus, skata formas, saglabāt atrastos rezultātus, atsevišķus ierakstus un meklējuma izteiksmes, kā arī saņemt jaunāko informāciju uz savu e-pastu. Gudro aģentu var izmantot visās NCBI datubāzēs. Gudrā aģenta galvenās funkcijas ir: datu saglabāšana (ierakstu kolekcijās, bibliogrāfiskajos rādītājos un meklējumu stratēģiju saglabāšana); uzstādījumu veikšana ērtākai rezultātu pārlūkošanai; meklēšanas filtru uzstādīšana rezultātu grupēšanai pēc lietotājiem interesējošām apakštēmām. Lai strādātu ar gudro aģentu, jālieto My NCBI saite ekrāna labajā augšējā stūrī: My NCBI ved uz gudrā aģenta mājaslapu; Sign in ļauj ieiet savā gudrajā aģentā vai arī reģistrēties tajā (sk att.) Reģistrēšanās My NCBI 5.1. Reģistrēšanās My NCBI Lai izveidotu savu individuālās meklēšanas aģentu, jāieiet tā mājas lapā (sk att.). Lai reģistrētos gudrajā aģentā, iespējami divi ceļi, no kuriem jāizvēlas viens. Reģistrēties iespējams (sk att.): izveidojot savu personīgo kontu Register for a NCBI account; lietojot trešās puses pierakstīšanās rīkus, tādus kā: - Google Sign in with Google; - Nacionālais veselības dienests Sign in with NIH Login; - citas partnerorganizācijas See more 3 rd party sign in options. 55

56 5.2. attēls. Reģistrēšanās gudrajā aģentā Ieeja gudrajā aģentā Papildiespēja, ja aizmirsts lietotājvārds vai parole Iespēja izveidot personīgo kontu Piekļuve caur partnerorganizācijām Atzīme, kas liek sistēmai atcerēties lietotājvārdu un paroli Veidojot savu personīgo reģistrāciju, pirmajā reizē jālieto Register for an account. Savukārt, ieejot aģentā atkārtoti, jāievada savs lietotājvārds un parole. Ja reģistrācija veikta savā personīgajā datorā, var veikt uzstādījumus Keep me signed in unless I sign out, kas ļauj sistēmai atcerēties lietotājvārdu un paroli (sk att.). Tad sistēma atceras gan lietotājvārdu, gan paroli, un nākošajā reizē tie pašam nav jāievada. Lai izietu no sava gudrā aģenta, lieto komandu Sign Out (sk att.) attēls. Iziešana no sava gudrā aģenta Ja reģistrējoties tiek izveidots savs personīgais konts, tajā jānorāda turpmākais lietotājvārds, parole, e-pasts, jāatbild uz drošības jautājumu gadījumā, ja tiek aizmirsta parole, un jāievada ekrānā redzamais drošības kods. Lietotājvārds, parole un drošības atbilde ir reģistrjutīgi; tas nozīmē, ka jāņem vērā lielo un mazo burtu lietojums (sk att.). Pēc reģistrēšanās gudrajā aģentā uz lietotāja e-pastu tiek atsūtīta apstiprinājuma vēstule ar saiti uz gudro aģentu. Klikšķinot uz šo saiti, reģistrācija tiek pabeigta pilnībā. Katra reģistrācija ir saistīta tikai ar vienu e-pasta adresi, kuru sistēma turpmāk izmantos jaunākās informācijas nosūtīšanai. E-pasta adresi ir iespējams mainīt sadaļā NCBI Account Settings (sk un 5.7. att.). Ja ir aizmirsts lietotājvārds, Sign In logā jāklikšķina uz loga Forgot username or password (sk att.), jāievada savs lietotājvārds vai e-pasta adrese un jāseko līdzi sistēmas norādēm. Iespējama paroles dzēšana, sava konta rediģēšana vai jauna konta izveidošana. 56

57 5.4. attēls. Gudrā aģenta jaunas reģistrācijas logs Norādīt lietotājvārdu Norādīt paroli Atkārtot paroli Norādīt savu e-pastu Slepenā atbilde Ierakstītā teksta dzēšana Nepieciešamības gadījumā iespējams mainīt sava aģenta e-pastu, paroli un slepeno atbildi, klikšķinot uz savu lietotājvārdu ekrāna augšējā labajā stūrī. Atveroties logam NCBI Account Settings (sk att.), jāizvēlas komanda Change pretī maināmajam laukam attēls. NCBI Account Settings logs paroles, e-pasta un slepenās atbildes mainīšanai Otrs ceļš, kā nokļūt uz NCBI Account Settings, ir savā gudrajā aģentā izvēlēties NCBI Site Preferences (sk att.), un lietot komandu Account Settings (sk att.). 57

58 5.2. My NCBI koriģēšana Gudrā aģenta mājaslapā ir redzamas šādas sadaļas (sk att.): Search NCBI databases meklēšanas logs, lai meklējumu varētu veikt jau no gudrā aģenta; Recent Activity veiktās darbības pēdējā pusgada laikā; My Bibliography saglabātie bibliogrāfiskie saraksti; Saved Searches saglabātie meklējumi; Collections saglabātās ierakstu kolekcijas; Filters fitri rezultātu saraksta grupēšanai. 5.6.attēls. Gudrā aģenta pielāgošana individuālajām vajadzībām Gudrā aģenta mājas lapa ir pielāgojama savām vajadzībām: tajā esošās sadaļas (lodziņi) ir pārvietojamas (pārvelkot ar kursoru); katrs no lodziņiem ir sakļaujams vai atverams (ar trīstūrīša palīdzību pie virsraksta); sadaļas (lodziņi) ir izdzēšamas ar krustiņu (Ï) un atjaunojamas ar Customize this page (sk att.) Uzstādījumi (Preferences) Personīgo uzstādījumu maiņa. Savus uzstādījumus var mainīt sadaļā NCBI Site Preferences, mainot savu e-pasta adresi, gudrā aģenta paroli, izgaismojot atslēgvārdus, mainot ierakstu formātu un kārtojumu (sk att. un 5.8. att.) attēls. Gudrā aģenta personīgo uzstādījumu maiņas uzsākšana 58

59 5.8. attēls. Gudrā aģenta personīgo uzstādījumu maiņa Uzstādījumu sadaļā Common Preferences atrodami tie uzstādījumi, kas attiecas uz visām NCBI datubāzēm. Ar komandas Highlighting palīdzību iespējama atslēgvārdu izgaismošana. Lai izgaismotu meklējamos atslēgvārdus, sadaļā Highlighting izvēlas krāsu un apstiprina ar Save. Izgaismojumi darbojas, tikai strādājot savā My NCBI kontā. Tālākie uzstādījumi ir PubMed datubāzei un citām NCBI datubāzēmkatrai atsevišķi. PubMed sadaļā Result Display Settings var izmainīt rezultātu saraksta skata formas, ierakstu skaitu vienā lapā un saraksta kārtojuma veidu. Katra uzstādījuma maiņa ir jāapstiprina ar Save Filtri (Filters) Filtru uzstādīšana. Viena no My NCBI priekšrocībām ir iespēja gudrajā aģentā uzstādīt filtrus, kas grupē kopējo rezultātu sarakstu pēc lietotājam interesējošām apakšnodaļām. Kopumā var uzstādīt 15 aktīvos filtrus. Nestrādājot savā aģentā, ir pieejami tikai kopējie filtri Choose additional filters, kas atrodami pa kreisi no rezultātu saraksta un veic galvenā saraksta ierobežošanu. Savukārt pa labi no rezultātu saraksta redzami individuāli uzstādītie filtri (Filter your results), kas grupē kopējo sarakstu pēc nosacījumiem, kas aktuāli individuālam lietotājam (sk att.). Filtru sadaļā nokļūst divējādi: caur My NCBI mājaslapas sadaļu Filters (sk att.); no galvenā rezultātu saraksta pa labi caur saiti Manage Filters (sk att.). 59

60 5.9. attēls. Kopējie un individuālie filtri attēls. Gudrā aģenta filtru sadaļa Filtru pievienošana. Manage Filters aizved uz NCBI filtru izvēlni, kur tiek piedāvātas četras filtru grupas: Popular populārākie, jeb biežāk izmantotie filtri; LinkOut saites uz resursiem, kas neatrodas NCBI; Properties uzstādījumi; Links saites uz citām NCBI datubāzēm. Lietotājs var uzstādīt biežāk izmantotos filtus (Popular) vai arī izvē lēties citus sev nepieciešamos rezultātu grupēšanas filtrus (Properties). 60

61 Biežāk izmantotie filtri (Popular) tiek piedāvāti saraksta veidā (sk att.): Clinical Trial klīniskie pētījumi; English angļu valoda; English & Humans angļu valoda un cilvēki; Full Text pilnie teksti, var tikt pieprasīta abonenta pieeja; Free Full Text pilnie teksti brīvpieejā; Humans cilvēki; Items with Abstracts ieraksti ar kopsavilkumiem; Published in the last 5 years pēdējo 5 gadu publikācijas; Review pārskati. Filtri jāatzīmē ar ķeksīti, lai pievienotu tos savam filtru sarakstam. Ja kāds no filtriem vairs nav vajadzīgs, ķeksīti pirms tā nosaukuma izņem attēls. Biežāk izmantotie (Popular) filtri Properties sadaļā var izvēlēties citus sev nepieciešamos rezultātu grupēšanas filtrus no piedāvātajām 11 filtru sadaļām (sk att.): vecuma grupas (Age Groups), klīniskie jautājumi (Clinical Queries), ieraksta pievienošanas laiks datubāzei (Entrez (Entered) Date), dzimte (Gender), veselības aprūpes dienestu pētījumi (Health Services Research Queries), cilvēki vai dzīvnieki (Humans or Animals), valodas (Languages), citi (Other), publicēšanas laiks (Publication Date), publikācijas veids (Publication Types). Arī šeit ar ķeksīšu palīdzību lietotājs var aktivizēt sev nepieciešamos filtrus. Ja nepieciešams atteikties no kāda filtra, tad ķeksīti izņem. 61

62 5.12. attēls. Citu filtru uzstādījumi LinkOut filtri sagrupē ierakstus, norādot saites uz resursiem, kas neatrodas PubMed, bet, kurus sniedz citas organizācijas tādas, kas piedāvā piekļuvi pilntekstu publikācijām, bioloģiskajām datubāzēm, pacientu infor mācijai, bibliotēku krājumiem un pētnieciskajiem instrumentiem. Šīs saites sniedz papildu informāciju, kas saistītas ar ierakstiem NCBI datubāzēs. LinkOut piedāvā grupu kategorijas, kuras ir pieejamas, tikai strādājot savā My NCBI kontā: informācija par ķīmiskām vielām (Chemical Information); izglītība (Education); bibliotēkas (Libraries); literatūra (Literature); medicīnas resursi (Medical Resourses); dažādi resursi (Miscellaneous); molekulārās bioloģijas datubāzes (Molecular Biology Databases); pētniecības materiāli (Research Materials). Sadaļas Links filtri satur saites uz citām NCBI datubāzēm. Lodziņā Search with terms (optional) var sameklēt filtru nosaukumus un aprakstus (sk att.). Esošos filtrus var rediģēt jau no PubMed rezultātu saraksta, labajā pusē ar saiti Manage Filters. Savukārt visus savus no dažādajām sadaļām uzstādītos filtrus kopumā redz filtru sadaļā, labajā pusē lodziņā Your PubMed filter list (sk att.). Visi uzstādītie filtri darbojas, tikai strādājot savā My NCBI kontā. 62

63 5.13. attēls. Savu uzstādīto filtru saraksts Kopsavilkums My NCBI piedāvā personalizēt PubMed logu, izvēlēties vēlamo rezultātu grupēšanu, uzstādot sev vēlamās skata formas un meklējamā vārda izgaismošanu. My NCBI piedāvā arī reģistrēta lietotāja e-pastā saņemt jaunumu sarakstus par izvēlētajām tēmām vai apskatīt tos sev izdevīgā laikā, kā arī saglabāt noderīgu ierakstu kolekcijas un veselas meklēšanas stratēģijas. Reģistrēšanās laikā norādītais e-pasts un parole ir maināmi. Maināmi ir arī visi uzstādījumi un filtri. 63

64 6. Sasaiste ar citiem tiešsaistes resursiem Daudziem PubMed ierakstiem ir pievienotas saites uz tiešsaistes režīmā pieejamiem žurnālu rakstu pilnajiem tekstiem, kā arī dotas norādes uz datubāzēm, bibliotēkām un izdevējiem, kuri piedāvā interesējošā raksta pilnu tekstu. Daļa rakstu ir pieejami bez maksas, savukārt par pieeju daļai rakstu ir jāmaksā Saišu sistēma un nokļūšana līdz ierakstu pilnajiem tekstiem LinkOut. PubMed ierakstu sasaisti ar pilnajiem tekstiem piedāvā LinkOut servisa tehniskais risinājums, kas PubMed datubāzei ļauj piesaistīt plašu informāciju. Daudziem PubMed ierakstiem ir pievienotas saites uz tiešsaistes režīmā pieejamiem žurnālu rakstu pilnajiem tekstiem, kā arī dotas norādes uz datubāzēm, bibliotēkām un izdevējiem, kuri piedāvā interesējošā raksta pilnu tekstu. Saites pievienotas ar nolūku uzlabot piekļuvi tiešsaistes resursiem, kā arī, lai paplašinātu, precizētu un papildi nātu atrasto informāciju. Daļa rakstu ir pieejami bez maksas, savukārt par pieeju daļai rakstu ir jāmaksā. Brīdī, kad klikšķina uz LinkOut ikonas, tiek pamesta datubāze PubMed, un lietotājs nokļūst kādā citā ārējā saitē. Tādējādi katra ieraksta saites uz tīklā pieejamajiem resursiem atšķiras. Visu brīvpieejas resursu autortiesības pieder to veidotājiem, un resursi nav paredzēti komerciālai izmantošanai. ASV Nacionālajai medicīnas bibliotēkai nepieder autortiesības uz materiāliem, tāpēc tā nevar sniegt atļauju to izmantošanā. LinkOut piedāvā saites, kas PubMed un citas Entrez sistēmas datubāzes sasaista ar daudziem atbilstošiem internetā pieejamiem tiešsaistes resursiem, iekļaujot pilnteksta publikācijas. Pilno tekstu pieejamība caur LinkOut iespējama vairākos veidos: 1) rezultātu sarakstam Summary skata formā daudziem ierakstiem pieejama saite Free Articles vai Free PMC Article (sk att.); 2) Abstract skata formā ekrāna labajā augšējā stūrī redzamas ikonas, kas satur saites uz pilnajiem tekstiem (sk att.); 3) Abstract skata formā zem raksta kopsavilkuma, atverot izvēlni LinkOut more resources, redzami visi pilnā teksta piedāvātāji (sk att. un 6.3. att.). 64

65 6.1. attēls. Saites uz rakstu pilnajiem tekstiem rezultātu sarakstā (Summary) 6.2. attēls. Saišu sistēma LinkOut nokļūšanai uz rakstu pilnajiem tekstiem Atverot izvēlni LinkOut more resources, zem tās redzams virsraksts Full Text Sources, kur uzskaitīti visi pilno tekstu piedāvātāji, kā arī saites uz citiem literatūras avotiem un datu bāzēm (sk att.). 65

66 6.3. attēls. Rakstu pilno tekstu piedāvātāju saraksts 6.2. PubMed Centrāle (PubMed Central) PubMed Centrāle (PubMed Central) (turpmāk tekstā PMC) ir resurss (sk att.), ko izveidojusi un pārvalda ASV Nacionālā veselības institūta Nacionālās Medicīnas bibliotēkas Nacionālais biotehnoloģiju informācijas centrs. PMC veidota ar mērķi radīt brīvi pieejamu digitālo žurnālu arhīvu biomedicīnas un dzīvības zinātņu nozarēs. ASV Nacionālā medicīnas bibliotēka ar PMC laika gaitā ir kļuvusi par līderi biomedicīnas literatūras elektroniskajā saglabāšanā un uzturēšanā attēls. PubMed Central sākumlapa 66

67 PMC gadā izveidoja PMC Central National Advisory Committee, un gada februārī tā uzsāka savu darbību. Sākotnēji PMC krājumā bija tikai divi žurnāli PNAS: Proceedings of the National Academy of Science un Molecular Biology of the Cell. Šobrīd PMC krājumā ir jau vairāk nekā 2,4 miljoni rakstu. Lielākā daļa no tiem atbilst PubMed ierakstiem. Resursā atrodami arī materiāli, kas publicēti no 19. gadsimta vidus līdz 20. gadsimta sākumam, jo ASV Nacionālais veselības institūts ir digitalizējis agrāk iespiestos PMC žurnālus, sniedzot tiešsaistes pieeju pilniem žurnālu gada komplektiem. PMC satur arī lielu daudzumu zinātnisko manuskriptu un rakstu no dažiem tūkstošiem žurnālu, kuros publicēti ASV Nacionālā veselības institūta un citu fondu atbalstītie pētnieku darbi, bet kurus nesatur PMC. Nacionālā veselības institūta publiskās pieejas (NIH Public Access) politikas galvenais mērķis ir brīvpieejas paplašināšana žurnālu rakstu pilnajiem tekstiem. Savukārt PMC mērķi ir žurnālu literatūras digitālā arhīva veidošana un materiālu no dažādiem avotiem savākšana vienuviet vienādā formātā un vienā krātuvē. Žurnālu izdevēji tiek aicināti pievienoties PMC un padarīt informāciju pieejamu cilvēkiem visā pasaulē. PMC nav izdevējs. Materiālu izmantošana ir bezmaksas, bet to lietošanu regulē autortiesības un licences. Izdevēju līdzdalība PMC resursa veidošanā ir brīvprātīga, taču izdevēju piedāvātajiem žurnāliem ir jāatbilst noteiktiem standartiem un tehniskām prasībām. PMC veidotāji nemaina iesniegtā raksta saturu. Mūsdienās daudzi žurnāli pieejami tiešsaistes režīmā un tendence, ka publikācijas ir atrodamas tikai tiešsaistē, palielinās. Tas izdevumiem nodrošina neierobežotu pieeju. Daudzi izdevēji savu žurnālu saturu dara pieejamu PMC jau drīz pēc to publicēšanas, savukārt citi ļauj piekļūt žurnāla rakstiem dažus mēnešus vai pat gadu pēc tā publicēšanas (embargo periods). Žurnāli, kuru pilnie teksti ir pieejami PMC, dalās trīs kategorijās: 1) pilni žurnālu komplekti no pirmā numura līdz pēdējam (vairāki simti žurnālu). Šīs kategorijas vecākajiem žurnāliem ir izveidotas oriģinālo iespiesto žurnālu digitālās kopijas; 2) nepilni žurnālu komplekti (neliela žurnālu grupa), kas satur jaunāko gadu žurnālus, bet nesatur senāk publicētos izdevumus; 3) žurnāli, kuru raksti publicēti izlases veidā vai ir brīvpieejā. PMC piedāvātajā žurnālu sarakstā Journal List ir pirmās un otrās kategorijas žurnāli ar ziņām par žurnālu sējumiem un to satura rādītājiem. Manuskripti un raksti no trešās kategorijas žurnāliem pieejami caur PMC meklēšanu vai ar saites palīdzību no atbilstošajiem PubMed kopsavilkumiem. Lai nokļūtu PMC, jādodas uz saiti PubMed Central lapas lejas daļā, vai arī pirms PubMed meklēšanas loga norāda, ka turpmākais meklējums notiks PMC (sk att.). 67

68 6.5. attēls. Nokļūšana uz PubMed Central Atverot PMC sākumlapu (sk att.), iespējams: veikt meklējumu meklēšanas logā; doties uz žurnālu sarakstu (Journal List); veikt paplašināto meklējumu un ieskatīties meklēšanas vēsturē (Advanced); uzstādīt meklējuma ierobežojumus (Limits); veikt konkrēta raksta meklējumu (PMC Citation Search). PMC Journal List ir pilns PMC pieejamo žurnālu saraksts (sk att.), kas sakārtots alfabēta kārtībā, piedāvājot arī žurnālu pārlūkošanu alfabēta burtu robežās. PMC Journal List sadaļā var pārlūkot: konkrēta žurnāla visus rakstus (kolonnā Search this Journal, klikšķinot uz lupas); žurnāla starptautisko seriālizdevumu standarta numurus (ISSN); žurnālu nosaukumus (Title); pieejamos sējumus (Volumes in PMC: Latest, First); informāciju par pilno tekstu brīvpieeju vai embargo periodu (Free Access); informāciju par žurnāla kolekcijas pilnību (Participation Level); jaunākos žurnālus (par pēdējām 60 dienām) (New); speciālās kolekcijas, kas satur rakstus izlases veidā (Special Collections). PMC Journals sadaļā ir iespējama atslēgvārdu meklēšana žurnālu nosaukumos (Search for journals). Tad meklēšanas logā jāievada atslēgvārdi un jāveic meklējums ar komandu Search. 68

69 6.6. attēls. PubMed Central žurnālu saraksts (PMC Journals) Jau PubMed rezultātu sarakstā ir iespēja lietot dažādas saites, lai nokļūtu pie raksta pilnajiem tekstiem, kas atrodami PMC. Tad jāklikšķina: uz saites Free PMC article zem ieraksta (sk att.); uz ikonas Free full text article in PubMed Central pie raksta kopsavilkuma Abstract skata formā (sk att.); uz saites PubMed Central sadaļā LinkOut aiz raksta kopsavilkuma (sk att.) attēls. Norāde uz pilno tekstu PubMed Central 6.8. attēls. Saite uz pilno tekstu PubMed Central Pašā PMC iespējami dažādi meklēšanas veidi (sk att.): vienkāršā meklēšana, izmantojot meklēšanas logu; paplašinātā meklēšana (Advanced); meklējumu kombinēšana, pielietojot vēsturi (History); meklēšana caur žurnālu sarakstu (Journal List); specifiskā rakstu meklēšana (PMC Citation Search); autoru manuskriptu meklēšana (Limits sadaļā izvēlas Author Manuscripts); meklēšana pēc tēmas; meklēšana pēc autora; meklēšana pēc žurnāla; meklēšana pēc laika perioda. 69

70 6.9. attēls. Saite uz pilno tekstu PubMed Central (caur LinkOut) Paplašinātā meklēšana (Advanced) ļauj veikt meklējumus pēc tēmas, autoriem, raksta veida, medicīnas priekšmetu rubrikām un daudziem citiem parametriem, gan izvēloties tos atsevišķi, gan tos sasaistot kopā. Žurnāla meklēšanai meklēšanas logā var rakstīt: pilnu žurnāla nosaukumu (molecular biology of the cell); virsraksta saīsinājumu (mol biol cell) vai ISSN numuru ( ). PMC meklējuma vēsture (History) ļauj aplūkot iepriekš veiktos meklējumus, kā arī tos savstarpēji kombinēt. PMC vēsture veidojas atsevišķi no PubMed vēstures. Meklējumu ierobežošana. Izmantojot sadaļu Limits, var ierobežot meklē šanu pēc žurnāla, autora, datuma vai raksta veidiem, atzīmējot ar ķeksīšiem nepieciešamos ierobežojumus saviem meklējumiem. Izvēlētie ierobežojumi tiks parādīti virs rezultātu saraksta. Ar Limits ierobežojumu Author Manuscripts iespējams atlasīt autoru manuskriptus par izvēlēto tēmu. PMC Citation Search (sk att.) ir speciāli aizpildāmi lauki, kurus var izmantot konkrētu žurnālu rakstu meklēšanā, ja ir zināms viens vai vairāki no ieraksta elementiem (žurnāla vai raksta nosaukums, autora uzvārds, sējums, lappuses, numurs). Visu lauku aizpildīšana nav obligāta. Citation Search jāizvēlas no PMC sākumlapas rīku rindas kreisajā malā, jāievada zināmā bibliogrāfiskā informācija un jānospiež taustiņš Go. No PMC rezultātu saraksta labajā pusē redzama josla, kas satur papildinformāciju un sniedz papildiespējas (sk att.), tādas kā: PMC filtru uzstādīšana (Filter your results); tieša piekļuve PMC rakstu attēliem (PMC Image Search); meklējuma sasaiste ar citām NCBI datubāzēm (Find related data); meklējuma stratēģijas aplūkošana (Search details); pēdējo veikto aktivitāšu aplūkošana (Recent activity). 70

71 6.10. attēls. PubMed Central konkrēta ieraksta meklētājs Žurnāla nosaukums Žurnāla izdošanas laiks Žurnāla sējums, numurs Raksta pirmās lappuses numurs Autora uzvārds Vārdi raksta nosaukumā Meklējuma veikšana Ierakstītā teksta dzēšana attēls. PubMed Central papildjosla 71

72 PMC pilno tekstu apskatīšana. PMC raksti ir pieejami HTML un PDF formātā. Daļa rakstu ir pieejami tikai PDF formātā. Lai atvērtu raksta pilno tekstu, jānoklikšķina uz saitēm Article vai PDF zem ieraksta. Dažiem ierakstiem ir arī saites uz papildinošiem datiem (Supplemental Data), labojumiem (Correction) un atsauksmēm par rakstu (Retraction), kā arī saite PubReader uz formātu, kas pielāgots raksta lasīšanai citās elektroniskās ierīcēs ar mazākiem ekrāniem HTML formātā (sk att.) redzams pilns raksta teksts ar pievienotām tabulām, attēliem, statistiskiem datiem un atsaucēm. HTML formāts satur dažādas papildu saites un meklēšanas rīkus. Tās ir saites uz esošā raksta autoru bibliogrāfiskajiem sarakstiem, uz citiem PMC rakstiem un citām Entrez sistēmas datubāzēm, kā arī saites uz saistītajiem rakstiem attēls. PubMed Central raksta HTML formāts Informācija par autoriem, rakstu un autortiesībām Raksta autori. Iespēja atvērt katra autora publikāciju sarakstu 14 mm Pilna teksta atvēršana Saistītie raksti Saites ārpus PMC Pēdējās darbības Raksta PDF formāts paredzēts raksta lasīšanai, izdrukai, pārsūtīšanai un saglabāšanai, taču tas nesatur saites uz līdzīgiem resursiem. PDF formāta izskats ir identisks raksta publikācijai iespiestā žurnālā. Lai saņemtu paziņojumu par jaunākajiem žurnāliem u. c. PMC jaunumiem, jāiet uz PMC News mail list vai jāparakstās uz PMC jaunumiem, pielietojot RSS (sk att.) PubMed Health Viena no jaunākajām PubMed sadaļām ir PubMed Health (sk att.). PubMed Health sniedz infor māciju par slimību un stāvokļu profilaksi un ārstēšanu. Šī informācija paredzēta gan medicīnas profesionāļiem, gan plašākam cilvēku lokam. 72

73 6.13. attēls. PubMed Health PubMed Health ir pakalpojums, ko piedāvā ASV Nacionālās medicīnas bibliotēkas Biotehnoloģijas informācijas nacionālais centrs, kas sniedz pārskatus par klīniskās efektivitātes pētījumiem. PubMed Health ietvertā informācija balstās uz klīnisko pētījumu sistemātiskajiem pārskatiem. Šeit ietverti klīniskās efektivitātes pārskati, norādot, kas ar ārstēšanas un profilakses metodem tika pierādīts un kas ne. PubMed Health sniedz vienuviet kopsavilkumus un pilnos tekstus no atlasītiem sistemātiskiem pārskatiem vienā resursā. Pārskati publicēti vai atjaunināti galvenokārt no gada. Lai nokļūtu uz PubMed Health, datubāzē PubMed pa kreisi no meklēšanas loga NCBI datubāzu izvēlnē jāizvēlas norāde PubMed Health un jālieto komanda Search (sk att.) attēls. Nokļūšana PubMed Health datubāzē 73

74 Meklējums PubMed Health darbojas vienlaicīgi ar meklējumu datubāzē PubMed. Speciāls filtrs identificē visas ASV Nacionālās Medicīnas bibliotēkas indeksētās zinātniskās publikācijas, kas tiek atpazītas kā sistemātiskie pārskati (sk att.). Šāds meklējums ietver arī rakstus, kas publicēti pirms gada attēls. PubMed Health rezultātu saraksts PubMed Health sadaļu papildina šādi izdevumi: A. D. A. M. Illustrated Medical Encyclopedia; Micromedex Consumer Medications Information. PubMed Health izvēlētie partneri klīniskās efektivitātes informācijas sniegšanā un apkopošanā ir daudzas pazīstamas organizācijas, kas saistītas ar pētījumiem medicīnā, tādas kā The Cochrane Library, Centre for Reviews and Dissemination, Agency for Health Care Research and Quality, National Institute for Health and Clinical Excellence Guidelines Program u. c. Kopsavilkums PubMed ierakstu sasaisti ar pilnajiem tekstiem piedāvā LinkOut servisa tehniskais risinājums, kas PubMed datubāzei ļauj piesaistīt plašu informāciju. Daudziem PubMed ierakstiem ir pievienotas saites uz tiešsaistes režīmā pieejamiem žurnālu rakstu pilnajiem tekstiem, kā arī dotas norādes uz datubāzēm, bibliotēkām un izdevējiem, kuri piedāvā interesējošā raksta pilnu tekstu. Saites pievienotas, lai uzlabotu piekļuvi tiešsaistes resursiem, kā arī lai paplašinātu, precizētu un papildinātu atrasto infor māciju. Daļa rakstu ir pieejami bez maksas, savukārt par pieeju daļai rakstu ir jāmaksā. PubMed Central ir brīvi pieejamu digitālo žurnālu arhīvs biomedicīnas un dzīvības zinātņu nozarēs. Lielākā daļa no tiem satur atbilstošus ierakstus PubMed. PubMed Central satur arī lielu daudzumu zinātnisko manuskriptu un rakstu no vairākiem tūkstošiem žurnālu, kuros publicēti ASV Nacionālā Veselības institūta un citu fondu atbalstītie pētnieku darbi. Šie dokumenti ir pieejami bez maksas. Meklēšanas iespējas un meklēšanas stratēģijas PubMed Central ir tādas pašas kā datubāzē PubMed. PubMed Health sniedz pārskatus par klīniskās efektivitātes pētījumiem. 74